gdy w lutym 2005 zmarł ojciec Gnassingbé, wojsko wymieniło go na następcę. Międzynarodowi przywódcy potępili ten ruch jako zamach stanu, naruszając konstytucję Togo z 1992 roku, więc Gnassingbé ustąpił i zgodził się na demokratyczne wybory, które odbyły się w kwietniu. Wygrał i 4 maja został oficjalnie ogłoszony prezydentem. Wstąpieniu Gnassingbé na to stanowisko towarzyszyły jednak gwałtowne protesty opozycyjne, w wyniku których setki osób zginęło lub zostało rannych, a kilka tysięcy Togijczyków uciekło z kraju w obawie przed prześladowaniami politycznymi. Pomimo stwierdzenia odosobnionych nieprawidłowości, oficjalna delegacja Wspólnoty Gospodarczej Państw Afryki Zachodniej uznała wybory za wolne i uczciwe, a Trybunał Konstytucyjny odrzucił twierdzenia przywódców opozycji, że zwycięstwo Gnassingbé w sondażach zostało sfałszowane.
po złożeniu przysięgi w 2005 roku, Gnassingbé zobowiązał się do pracy na rzecz „rozwoju, dobra wspólnego, pokoju i jedności narodowej” w Togo. Jego początkowe starania o utworzenie rządu koalicyjnego z główną partią opozycyjną w kraju zakończyły się niepowodzeniem w czerwcu, chociaż Gnassingbé próbował później wznowić rozmowy. Po miesiącach negocjacji, w sierpniu 2006 podpisał porozumienie z ugrupowaniami opozycyjnymi przewidujące ich włączenie do nowego rządu. Gnassingbé dążył również do zacieśnienia stosunków z Unią Europejską (UE) w nadziei na przywrócenie Zachodniej pomocy, która została ograniczona w 1993 r.w związku z obawami dotyczącymi łamania praw człowieka w Togo, a w listopadzie 2007 r. UE zgodziła się wznowić pełną współpracę gospodarczą z tym krajem. Gnassingbé był rzekomo celem zamachu stanu w 2009 r., rzekomo zaaranżowanego przez jego przyrodniego brata i byłego ministra obrony, Kpatchę, oraz przyrodniego brata, Essolizama, wraz z wyższymi urzędnikami wojskowymi i innymi osobami. W 2011 Kpatcha został uznany za winnego i skazany na 20 lat więzienia, natomiast Essolizam został uniewinniony.
Gnassingbé, jako kandydat RPT, został ponownie wybrany na urząd prezydenta szerokim marginesem w marcu 2010. Międzynarodowi obserwatorzy, choć zauważyli pewne problemy proceduralne, nadal uważali wybory za w dużej mierze wolne i uczciwe, chociaż główna grupa opozycyjna, Unia sił zmian (Union des Forces du Changement; UFC), zakwestionowała ich wynik. W maju rząd kierowany przez RPT osiągnął porozumienie z UFC, które przewidywało ich udział w nowym rządzie; decyzja ta nie została jednak powszechnie zaakceptowana przez UFC i doprowadziła do rozłamu, w wyniku którego frakcja odeszła, aby utworzyć nową partię.
w 2012 r.RPT została rozwiązana, a wkrótce potem Gnassingbé utworzył nową partię, Unię na rzecz Republiki (Union pour la République; UNIR). Wielu członków RPT weszło w skład UNIR i zastąpiło RPT jako partię rządzącą. UNIR zdobyła większość miejsc w Zgromadzeniu Narodowym w wyborach w 2013 roku, a w następnym roku Zablokowano w Zgromadzeniu Narodowym przepisy, które ograniczyłyby prezydenta do pełnienia więcej niż dwóch kadencji. W przedterminowych wyborach prezydenckich 25 kwietnia 2015 Gnassingbé został wybrany kandydatem UNIR. Uzyskał reelekcję z prawie 59% głosów.
Gnassingbé i jego administracja stanęli w obliczu poważnych niepokojów w postaci serii protestów, które rozpoczęły się w sierpniu 2017 roku. Kwestia ograniczeń kadencji prezydenta była ponownie na pierwszym planie, a protestujący domagali się wdrożenia i stosowania z mocą wsteczną limitu dwóch kadencji, a niektórzy protestujący wezwali do ustąpienia Gnassingbé. Organizatorzy protestów, Grupa partii opozycyjnych, które połączyły się w koalicję 14 (C14), mieli również inne żądania, w tym wdrożenie systemu dwóch tur wyborów prezydenckich. Chociaż rząd zgodził się na przeprowadzenie referendum w sprawie wprowadzenia limitu dwóch kadencji prezydenckich, limit ten nie zostanie zastosowany z mocą wsteczną, pozostawiając Gnassingbé możliwość potencjalnie odbycia dwóch dodatkowych kadencji; był to jeden z powodów, dla których protesty trwały do 2018 r.pomimo wysiłków mediacyjnych. Niepokoje dotknęły wybory parlamentarne w grudniu 2018 roku, które zostały zbojkotowane przez C14. Nie jest zaskakujące, że UNIR Gnassingbé i jego sojusznicy zdobyli większość mandatów, a dzięki temu mieli większość niezbędną do uchwalenia poprawek do konstytucji bez przeprowadzania referendum. W maju 2019 r.Zgromadzenie Narodowe przyjęło poprawki do konstytucji, które zawierały przywrócenie limitu dwóch kadencji prezydenta—ale bez klauzuli retroaktywnej, której domagali się protestujący, dając Gnassingbé możliwość kandydowania w 2020 i 2025 r., potencjalnie pełniąc funkcję prezydenta do 2030 r.
Gnassingbé wystartował w wyborach prezydenckich 22 lutego 2020 roku, w których zmierzył się z sześcioma innymi kandydatami. Został ogłoszony zwycięzcą, zdobywając ponad 70 procent głosów. Jego najbliższy rywal, Agbeyome Kodjo, zakwestionował wyniki przed Trybunałem Konstytucyjnym, powołując się na zarzuty oszustwa wyborczego. Sąd podtrzymał jednak zwycięstwo Gnassingbé.
Redakcja Encyclopaedia Britannica