Cuenca, kokonaisuudessaan Santa Ana de Cuenca, city, Ecuadorin eteläosa. Se sijaitsee Andien vuoriston intermontane-altaassa (cuenca) 2 596 metrin korkeudessa Matadero-joella, joka on Pautejoen sivujoki. Espanjan siirtomaakaupungin perusti konkistadori Gil Ramírez Davalos vuonna 1557 Quitun kuningaskunnan 1400-luvulla valloittaneen inkahallitsija Huayna Capacin entisen asuinpaikan raunioille. Cuencan historiallinen keskusta nimettiin Unescon maailmanperintökohteeksi vuonna 1999.
Cuenca on maan kolmanneksi suurin kaupunki ja suurimman osan Etelä-Ecuadorin kaupallisesta keskuksesta, ja se harjoittaa maataloustuotteita, karjaa, vuotia ja marmoria. Tärkeimmät teollisuudenalat ovat Panamahattujen, tekstiilien ja pitsin, nahkatuotteiden, korujen ja elintarvikkeiden valmistus. Viikottaiset Intian markkinat ovat paitsi tärkeä taloudellinen tehtävä, myös suosittu turistinähtävyys. Cuencan länsipuolelta on löydetty heikkolaatuisia kupariesiintymiä.
Cuencassa on useita merkittäviä esimerkkejä Espanjan siirtomaa-ajan arkkitehtuurista, kuten La Concepciónin luostari (perustettu 1599) ja El Carmen de la Asunciónin kirkko (perustettu 1682). Merkittäviä maamerkkejä ovat muun muassa kaksi katedraalia ja useita muita kirkkoja. Cuencasta tuli piispanistuin 1786 ja arkkipiispa 1957. Siellä sijaitsevat Cuencan yliopisto (1868) ja katolinen yliopisto (1970). Kaupungin läpi kulkee Pan-Amerikan valtatie. Pop. (2010) 329,928.