lujuutensa ja tarmokkuutensa vuoksi hänet tunnettiin myös Querétaron Pamesin tuhoajana. Nuevo Santanderissa häntä syytettiin intiaanien murhaamisesta ja orjien ottamisesta. Hän joutui oikeuteen, jossa häntä syytettiin intialaisen työvoiman laittomasta käyttämisestä tekstiilitehtaissaan ja Santanderin sataman käyttämisestä englantilaisen salakuljetustavaran tuomiseen maahan. Vuosina 1770-1775 intiaanien keskuudessa kuoli kuitenkin yli kaksi kertaa enemmän ihmisiä kuin hänen 22 hallitusvuotensa aikana.
hänen vihollisiaan alueella olivat muun muassa jesuiitat, ranskalaiset ja maallinen papisto.
hän keräsi querétarossa, San Miguelissa ja Nuevo Santanderissa oleskelunsa aikana runsaasti varallisuutta huonosti palkattujen intiaanien ja orjien työstä sekä suuria maa-avustuksia varakuninkailta. Hänen maittensa karja ja muut tuotteet sekä se, mitä hän osti siirtolaisilta, kuljetettiin Soto La Marinan satamasta rannikkoa pitkin Veracruziin omistamallaan fregatilla.
häntä pidettiin 1700-luvulla yhtenä Uuden Espanjan suurista valtiomiehistä, ylempänä kuin monia varakuninkaita. Hän määräsi kuhunkin asutukseen toimintaa ja viljelyksiä, kannusti kasteluun ja rakennutti teitä ja siltoja. Hän rakennutti siirtokunnan pääkaupunkiin Santanderiin suuren kartanon, joka tunnetaan kreivin palatsina. Hän rakennutti myös Santanderin kirkon ja juomavesialtaan. Hän toi tacubayasta muurareita, puuseppiä ja sepiä ja perusti uuneja, sokerimyllyjä ja jauhomyllyjä.
palkitakseen hänet palveluksistaan kruunu myönsi hänelle conde De Sierra Gordan arvonimen, joka oli vapaa lanzoista (aatelisille asevelvollisuuden sijasta määrätty velvollisuus) ja media anatasta (virkaan astumisesta maksettava vero).
hän kuoli unohdettuna vuonna 1770, todennäköisesti syyskuun 10.päivänä Quetéterossa tai Méxicossa. Viisi vuotta myöhemmin hänet vapautettiin häntä vastaan nostetuista syytteistä ja rehabilitoitiin. Arvonimi siirtyi hänen vanhimmalle pojalleen Manuelille. Manuel kuoli ilman jälkeläisiä, ja Josén toisesta pojasta Marianosta tuli kreivi.
Ciudad Victoria, nykyinen Tamaulipasin osavaltion pääkaupunki, pystytti patsaan hänen muistokseen vuonna 1975. Siellä ja Querétarossa on myös hänen mukaansa nimettyjä katuja. Laredossa, Texasissa juhlitaan vuosittain marraskuussa Festival de Música José de Escandón-festivaalia. Alicessa, Texasissa on myös hänelle omistettu patsas.
Jose de Escandonille vihittiin patsas vuonna 2014. Se sijaitsee University of Texas Rio Granden laaksossa Edinburgissa, Texasissa.