Kompartmenty mají tři hlavní role. Jedním z nich je stanovení fyzických hranic pro biologické procesy, které buňce umožňují provádět různé metabolické aktivity současně. To může zahrnovat udržování určitých biomolekul v oblasti nebo udržování jiných molekul venku. V kompartmentech vázaných na membránu jsou izolovány různé intracelulární pH, různé enzymové systémy a další rozdíly od jiných organel a cytosolu. U mitochondrií má cytosol oxidační prostředí, které převádí NADH na NAD+. V těchto případech je rozčlenění fyzické.
dalším je vytvoření specifického mikroprostředí pro prostorovou nebo dočasnou regulaci biologického procesu. Jako příklad, kvasinková vakuola je normálně okyselena protonovými transportéry na membráně.
třetí úlohou je stanovit konkrétní umístění nebo mobilní adresy, pro které by se procesy měly vyskytovat. Například transkripční faktor může být směrován do jádra, kde může podporovat transkripci určitých genů. Pokud jde o syntézu bílkovin, nezbytné organely jsou relativně blízko sebe. Jádro v jaderné obálce je umístění syntézy ribozomu. Cílem syntetizovaných ribozomů pro translaci proteinů je hrubé endoplazmatické retikulum (hrubý ER), které je spojeno a sdílí stejnou membránu s jádrem. Golgiho tělo je také blízko hrubé ER pro balení a redistribuci. Podobně intracelulární kompartmentalizace umožňuje specifická místa souvisejících funkcí eukaryotických buněk izolovaných od jiných procesů, a proto efektivní.