a rekeszeknek három fő szerepe van. Az egyik a biológiai folyamatok fizikai határainak meghatározása, amelyek lehetővé teszik a sejt számára, hogy egyszerre különböző anyagcsere-tevékenységeket hajtson végre. Ez magában foglalhatja bizonyos biomolekulák tartását egy régión belül, vagy más molekulák kívül tartását. A membránhoz kötött rekeszekben különböző intracelluláris pH-t, különböző enzimrendszereket és más különbségeket izolálnak más organelláktól és citoszoloktól. A mitokondriumokkal a citoszol oxidáló környezettel rendelkezik, amely a NADH-t NAD+ – vá alakítja. Ezekben az esetekben a felosztás fizikai.
egy másik egy speciális mikrokörnyezet létrehozása a biológiai folyamat térbeli vagy időbeli szabályozására. Például egy élesztő vakuolát általában a membránon lévő proton transzporterek savanyítanak.
a harmadik szerep olyan konkrét helyek vagy cellás címek meghatározása, amelyeknél a folyamatoknak meg kell történniük. Például egy transzkripciós faktor egy magba irányulhat, ahol elősegítheti bizonyos gének transzkripcióját. A fehérjeszintézis szempontjából a szükséges organellák viszonylag közel vannak egymáshoz. A magburokban lévő nukleolus a riboszóma szintézis helye. A szintetizált riboszómák célállomása a fehérje transzlációhoz a durva endoplazmatikus retikulum (rough ER), amely ugyanazon membránhoz kapcsolódik, és ugyanazt a membránt osztja meg a maggal. A Golgi test szintén közel van a durva ER-hez a csomagoláshoz és az újraelosztáshoz. Hasonlóképpen, az intracelluláris kompartmentalizáció lehetővé teszi a kapcsolódó eukarióta sejtfunkciók specifikus helyeinek elkülönítését más folyamatoktól, ezért hatékonyak.