Trofiaekologia on yleinen tutkimus eliöiden ruokintasuhteiden rakenteesta ekosysteemissä. Nämä ravinto-tai trofiasuhteet esitetään usein ravintoverkkoina tai ravintoketjuina. Yksi erittäin tärkeä troofisen ekologian ilmiö tunnetaan troofisena kaskadina, joka kuvaa epäsuoraa valvontaa, jota huippupeto harjoittaa lajeille alemmilla, ei-adjacent-trofiatasoilla. Ravintoketjun huipulla tapahtuvasta muutoksesta johtuvat ekologiset prosessit ja seuraukset kulkevat trofiatasojen alapuolella ja tasapainottavat lopulta lukuisten lajien ekologiset suhteet. Saalistajat voivat esimerkiksi pienentää suoran saaliinsa populaatiotiheyttä tai haitata saaliinsa käyttäytymistä siinä määrin, että ne parantavat muiden saaliseläinten selviytymistä. Troofisilla kaskadeilla voi olla myös päinvastainen vaikutus: Ylimmän petoeläimen poistaminen ravintoketjusta voi nostaa sen saaliskantaa, mikä puolestaan johtaa lajien vähenemiseen seuraavalla alemmalla trofiatasolla. Katso myös: Ecological communities; Ecological modeling; Ecology; Ecosystem; Food web; Predator-prey interactions; Troofic ecology
merkittävä esimerkki tästä ylhäältä alas suuntautuvasta ekologisesta vuorovaikutuksesta havaittiin Yellowstonen kansallispuistossa Yhdysvaltain länsiosassa. 1920-luvulla puiston harmaasusien (Canis lupus) paikallinen häviäminen metsästyksen kautta aiheutti hirvikannan (Cervus elaphus) kasvun, mikä johti hirvien syömien lukuisten kasvien (erityisesti haapojen, pajujen ja ruohojen) runsauden huomattavaan vähenemiseen. Itse asiassa hirvet vähensivät näitä kasveja olemattomiin. Vuonna 1995 susien palauttaminen puistoon aloitti tämän suuntauksen dramaattisen käänteen, jolloin hirvien määrä väheni ja edellä mainittujen kasvien määrä kasvoi. Lisäksi susien paluumuutto paitsi vähensi hirvien määrää saalistuksen kautta, myös muutti hirvien käyttäytymistä. Hirvet alkoivat kerääntyä alueille, jotka olivat kaukana susista ja liikkuivat nopeammin susien suosimien reviirien läpi. Koska hirvet eivät laiduntaneet yhtä voimakkaasti susialueiden kasveilla, kasvilajit siellä menestyivät. Katso myös: biologinen tuottavuus; hirvieläimet; koirat; Populaatioekologia; populaation elinkelpoisuus; Restaurointiekologia
puistojen hoitajilla oli vuosisadan alkupuolella vain vähän käsitystä siitä, millaisia vaikutuksia harmaasusien (huippupedon) hävittämisellä olisi Yellowstonen ekologisiin yhteisöihin. Tuolloin tutkijat ajattelivat, että kaikki troofiset ekosysteemit rakentuvat alhaalta ylöspäin. Alhaalta ylös-skenaariossa kasvit olivat perusta, jolle kaikki kasvoi. Kun kasvit vakiintuivat alueelle, muut ravintoketjun muodostavat lajit loksahtivat paikoilleen alkaen hyönteisistä ja pieneläimistä ja siirtyen suurempiin kasvinsyöjäkuluttajiin ja sitten suurpetoihin. Luonnontieteilijöiden havainnot Yellowstonen susien aiheuttamista troofisista kaskadeista osoittavat kuitenkin, että myös ylhäältä alas ulottuvat vaikutukset on otettava huomioon, koska niiden epäsuorat vaikutukset voivat muuttaa alempien trofisten kasvinsyöjien tiheyttä ja siten vaikuttaa alkutuottajien (kasvien) kasvuun. Tutkijoiden on kuitenkin saatava lisää tietoa troofisista ryöpytyksistä, kuten siitä, miten voidaan tulkita ylhäältä alas‐ja alhaalta ylös‐taustatekijöiden lopullinen tasapaino. Katso myös: kasvinsyöjä; kasvien ja eläinten vuorovaikutus; Systeemiekologia; teoreettinen ekologia