kun Shabaka valloitti Ala-Egyptin ja näin varmisti Nubian vallan, hänen seurassaan oli hänen veljenpoikansa Taharqa, joka oli noin 20-vuotias. Myöhemmin Shabakan faaraon valtakaudella Egypti kohtasi Assyrian kasvavan mahdin taistelukentällä. Taharqa oli Egyptin armeijan johdossa, mutta ei ole selvää, taistelivatko nämä kaksi joukkoa todella. Taharqan veli Shabataka seurasi Shabakaa, ja hän teki Taharqasta kanssahallitsijansa varmistaakseen kruununperimyksensä. Noin 688 eaa., noin 23 vuotta sen jälkeen, kun Nubian valta oli määrätty Egyptille, Taharqa otti vallan itselleen.
seuraavat vuodet olivat rauhallisia, ja Taharqa siirsi pääkaupunkinsa suiston Tanisiin, jotta voisi pysyä hyvin perillä naapuriaasialaisten Maiden tapahtumista. Vuonna 671 EKR. Egypti ja Assyria lähestyivät jälleen yhteenottoa, joten Taharqa valmistautui taistelemaan Egyptin säilymisen puolesta. Assyrian kuningas Esarhaddon kuitenkin ylitti Siinain autiomaan ja löi taharqan armeijan rajalla. Kahdessa viikossa hän piiritti Memphisiä. Egyptin armeija mureni paremmin kuritettua Assyrian armeijaa vastaan, joka oli aseistettu rautaisin asein.
Taharqa pakeni Ylä-Egyptiin jättäen Esarhaddonin ottamaan Ala-Egyptin hallintaansa. Kaksi vuotta myöhemmin Taharqa palasi tuoreen armeijan kanssa ja onnistui saamaan suiston takaisin hallintaansa, mutta menestys jäi lyhytaikaiseksi ja Esar-haddonin seuraaja Ashurbanipal ajoi Taharqan jälleen etelään. Tämän lopullisen tappion jälkeen hän ei enää koskaan yrittänyt kampanjoida pohjoisessa. Sen jälkeen Egyptissä alkoi pitkä perättäisten ulkomaisten hallitsijoiden aikakausi.
Egyptin valtakaudellaan Taharqa oli nubialaisten edeltäjiensä tavoin kannustanut moniin arkkitehtonisiin hankkeisiin. Hän pystytti muistomerkkejä Karnakiin, Thebaan ja Tanisiin Ala-Egyptiin, ja hän rakennutti useita tärkeitä temppeleitä kuusiin, joksi Ylä-Egyptin Nubian valtio tuolloin tunnettiin. Viimeiset 8 vuotta elämästään Cushissa hän jatkoi arkkitehtonisten harrastustensa vaalimista.
vuonna 663 eaa. Taharqa hyväksyi yhteishallitsijakseen Tanutamonin, jonka tarkka suhde häneen ei ole selvä. Seuraavana vuonna Taharqa kuoli ja hänet haudattiin nurin pyramidiin. Tanutamon oli heti hyökännyt itse Ala-Egyptiin saatuaan nimekseen coregent, ja hän onnistui saamaan sen hallintaansa lähes vuosikymmenen ajan, mutta joutui kuitenkin Taharqan tavoin assyrialaisten ajamaksi. Vaikka nubialaiset olivat hallinneet Egyptiä vain noin 75 vuotta, heidän Pohjois-Sudanissa sijainnut Kuusin kuningaskuntansa säilyi lähes vuosituhannen.