En septembre 1957, avec l’aide de Daisy Bates, une militante des droits civiques de premier plan dans le centre de l’Arkansas, Malinda Brown entreprend d’intégrer la Little Rock Central High School aux côtés de huit autres étudiants afro-américains. Les élèves ont d’abord tenté d’entrer dans l’école le 4 septembre 1957, mais ont été arrêtés par la Garde nationale de l’Arkansas appelée par le gouverneur Orval Faubus. En réponse, le président Dwight D. Eisenhower envoya 1 200 parachutistes américains de la 101e Division aéroportée pour aider le Little Rock Nine à entrer dans l’école. Le 25 septembre 1957, Brown-Trickey et les huit autres élèves déségrèguent la Little Rock Central High School.
Malgré les troupes stationnées au lycée tout au long de l’année scolaire ’57-’58, les neuf élèves ont été harcelés physiquement et verbalement par leurs camarades de classe. Brown-Trickey a été la première suspendue du Little Rock Nine et elle a été la seule à être expulsée. Sa suspension est le résultat d’un incident survenu le 17 décembre 1957. Alors qu’elle se promenait dans la cafétéria bondée pendant le déjeuner, Brown-Trickey a été harcelée et a fini par laisser tomber son plateau à lunch et renverser du piment sur deux étudiants masculins. Elle a été suspendue de l’école pendant six jours. Après sa suspension, Minnijean est retourné à l’école et un étudiant blanc lui a renversé de la soupe. Il n’a été suspendu que deux jours. Plus tard, en février, un groupe de filles a jeté un sac à main rempli de serrures à combinaison à Minnijean. Elle a répondu en appelant les filles « white trash » et a été immédiatement expulsée. Après son expulsion, les étudiants de Central ont passé une note autour de laquelle il était écrit: « Un vers le bas, huit à aller. »
Après l’incident, Brown-Trickey a déménagé à New York et a vécu avec les Drs Kenneth B. et Mamie Clark. Les Clarks étaient des psychologues afro-américains qui ont aidé à l’argument présenté par la National Association for the Advancement of Colored People (NAACP) dans l’affaire Brown v. Board of Education.
Brown-Trickey a fréquenté la New Lincoln School à Manhattan pour la 11e et la 12e année.