i September 1957, med hjälp av Daisy Bates, en framstående civilrättsaktivist i centrala Arkansas, Malinda Brown bestämde sig för att integrera Little Rock Central High School tillsammans med åtta andra afroamerikanska studenter. Eleverna försökte ursprungligen gå in i skolan den 4 September 1957, men stoppades av Arkansas National Guard som kallades in av guvernör Orval Faubus. Som svar skickade President Dwight D. Eisenhower 1 200 amerikanska fallskärmsjägare från 101: a luftburna divisionen för att hjälpa Little Rock Nine att komma in i skolan. Den 25 September 1957 avskedade Brown-Trickey tillsammans med de andra åtta studenterna Little Rock Central High School.
trots att trupperna var stationerade på gymnasiet under skolåret 57-58 trakasserades de nio eleverna fysiskt och verbalt av sina klasskamrater. Brown-Trickey var den första suspenderade ur Little Rock Nine och hon var den enda som utvisades. Hennes avstängning var resultatet av en incident som ägde rum den 17 December 1957. När hon gick genom den trånga cafeterian under lunchen trakasserades Brown-Trickey och slutade släppa sin lunchbricka och spilla chili på två manliga studenter. Hon avbröts från skolan i sex dagar. Efter hennes avstängning kom Minnijean tillbaka till skolan och en vit student spillde soppa på henne. Han avbröts bara i två dagar. Senare, i Februari, en grupp flickor kastade en handväska fylld med kombinationslås på Minnijean. Hon svarade genom att kalla flickorna ”white trash” och blev omedelbart utvisad. Efter hennes utvisning, studenter vid Central passerade en anteckning kring vilken anges, ” en ner, åtta att gå.”
efter händelsen flyttade Brown-Trickey till New York och bodde hos Dr Kenneth B. och Mamie Clark. Clarks var afroamerikanska psykologer som hjälpte till med argumentet som presenterades av National Association for the Advancement of Colored People (NAACP) i Brown v.Board of Education-fallet.
Brown-Trickey deltog i New Lincoln School på Manhattan för 11: e och 12: e klass.