Lorsque Shabaka conquit la Basse-Égypte et affirma ainsi la domination nubienne, il était accompagné de son neveu Taharqa, âgé d’environ 20 ans. Plus tard, pendant le règne de Shabaka en tant que pharaon, l’Égypte affronta la puissance croissante de l’Assyrie sur le champ de bataille. Taharqa était à la tête de l’armée égyptienne, mais il n’est pas clair si les deux forces se sont réellement battues. Le frère de Taharqa, Shabataka, a succédé à Shabaka, et il a fait de Taharqa son corégent afin d’assurer sa succession. Vers 688 Av.J.-C., environ 23 ans après que la domination nubienne eut été imposée sur l’Égypte, Taharqa a pris le trône de son propre chef.
Les années suivantes furent paisibles, et Taharqa déplaça sa capitale à Tanis dans le Delta afin qu’il puisse rester bien informé des événements dans les pays asiatiques voisins. En 671 av.J.-C., l’Égypte et l’Assyrie approchèrent à nouveau d’une confrontation, alors Taharqa se prépara à se battre pour la survie continue de l’Égypte. Mais le roi assyrien, Esarhaddon, traversa le désert du Sinaï et vainquit l’armée de Taharqa à la frontière. En 2 semaines, il assiégeait Memphis. L’armée égyptienne s’est effondrée sous l’attaque de l’armée assyrienne mieux disciplinée, armée d’armes en fer.
Taharqa s’enfuit en Haute-Égypte, quittant Esarhaddon pour prendre le contrôle de la Basse-Égypte. Deux ans plus tard, Taharqa est revenu avec une nouvelle armée et a réussi à reprendre le contrôle du Delta, mais ce succès a été de courte durée, et le successeur d’Esar-haddon, Ashurbanipal, a de nouveau chassé Taharqa vers le sud. Après cette défaite finale, il n’a plus jamais essayé de faire campagne dans le nord. L’Égypte est alors entrée dans une longue ère de dirigeants étrangers successifs.
Pendant sa période de domination égyptienne, Taharqa avait encouragé de nombreux projets architecturaux, tout comme ses prédécesseurs nubiens. Il a érigé des monuments à Karnak, Thèbes et Tanis en Basse-Égypte, et il a construit un certain nombre de temples importants à Cush, comme l’état nubien de Haute-Égypte était alors connu. Au cours des 8 dernières années de sa vie à Cush, il a continué à promouvoir ses intérêts architecturaux.
En 663 av.J.-C. Taharqa accepta comme corégent Tanutamon, dont la relation précise avec lui n’est pas claire. L’année suivante, Taharqa mourut et fut enterré dans une pyramide à Nuri. Tanutamon avait immédiatement envahi lui-même la Basse-Égypte lorsqu’il a été nommé corégent, et il a réussi à en prendre le contrôle pendant près d’une décennie, avant d’être chassé par les Assyriens, comme l’avait été Taharqa. Bien que les Nubiens n’aient réussi à gouverner l’Égypte que pendant environ 75 ans, leur royaume de Cush, dans le nord du Soudan, a survécu pendant près d’un millénaire.