Rom har tre hovedroller. Det ene er å etablere fysiske grenser for biologiske prosesser som gjør at cellen kan utføre forskjellige metabolske aktiviteter samtidig. Dette kan omfatte å holde visse biomolekyler innenfor en region, eller holde andre molekyler utenfor. Innenfor membranbundne rom isoleres forskjellige intracellulære pH, forskjellige enzymsystemer og andre forskjeller fra andre organeller og cytosol. Med mitokondrier har cytosol et oksidasjonsmiljø som konverterer NADH TIL NAD+. Med disse tilfellene er compartmentalization fysisk.
En annen er å generere et bestemt mikromiljø for å romlig eller timelig regulere en biologisk prosess. Som et eksempel blir en gjærvakuol normalt surgjort av protontransportører på membranen.
en tredje rolle er å etablere bestemte steder eller mobiladresser for hvilke prosesser som skal skje. For eksempel kan en transkripsjonsfaktor rettes til en kjerne, hvor den kan fremme transkripsjon av visse gener. Når det gjelder proteinsyntese, er de nødvendige organeller relativt nær hverandre. Nukleolus i atomkuvertet er plasseringen av ribosomsyntese. Målet for syntetiserte ribosomer for proteinoversettelse er grovt endoplasmatisk retikulum( grov ER), som er koblet til og deler samme membran med kjernen. Golgi-kroppen er også nær den grove ER for emballasje og omfordeling. På samme måte tillater intracellulær compartmentalization bestemte steder av relaterte eukaryote cellefunksjoner isolert fra andre prosesser og derfor effektiv.