komora ma trzy główne role. Jednym z nich jest ustalenie fizycznych granic dla procesów biologicznych, które umożliwiają komórce wykonywanie różnych czynności metabolicznych w tym samym czasie. Może to obejmować utrzymywanie pewnych biomolekuł w regionie lub utrzymywanie innych cząsteczek Na Zewnątrz. W obrębie przedziałów związanych z błoną izoluje się różne pH wewnątrzkomórkowe, różne układy enzymatyczne i inne różnice od innych organelli i cytozolu. W przypadku mitochondriów cytosol ma środowisko utleniające, które przekształca NADH w NAD+. W takich przypadkach podział jest fizyczny.
innym jest wytworzenie specyficznego mikrośrodowiska w celu przestrzennej lub tymczasowej regulacji procesu biologicznego. Na przykład wakuola drożdżowa jest zwykle zakwaszana przez transportery protonów na błonie.
trzecią rolą jest ustalenie konkretnych lokalizacji lub adresów komórkowych, dla których powinny zachodzić procesy. Na przykład czynnik transkrypcyjny może być skierowany do jądra, gdzie może promować transkrypcję niektórych genów. Pod względem syntezy białek niezbędne organelle są stosunkowo blisko siebie. Jądro w otoczce jądrowej jest miejscem syntezy rybosomów. Celem syntetyzowanych rybosomów do translacji białek jest szorstkie retikulum endoplazmatyczne (rough ER), które jest połączone i dzieli tę samą błonę z jądrem. Ciało Golgiego znajduje się również w pobliżu szorstkiego ER do pakowania i redystrybucji. Podobnie, wewnątrzkomórkowa podział umożliwia specyficzne miejsca pokrewnych funkcji komórek eukariotycznych wyizolowane z innych procesów, a zatem skuteczne.