linna pystytettiin 1100-luvun alussa Hadmar I Kuenringin (k. 1138) käskystä, Itävallan rajakreivi Leopold III: n palveluksessa, tiluksille, jotka hänen esi-isänsä Azzo gobatsburgilainen oli hankkinut Tegernseen luostarista 1000-luvun lopulla. Hadmar, joka myös perusti läheiseen Zwettlin luostariin, rakennutti linnoituksen strategiselle paikalle, josta oli näkymät Tonavalle. Se on yhteydessä dürnsteiniin kaupunginmuureista ulottuvan puolustusmuurin kautta.
linna tunnetaan yhtenä niistä paikoista, joissa kolmannelta ristiretkeltä palannut Englannin kuningas Rikhard I oli vangittuna Itävallan herttua Leopold V: n vangittua hänet Wienin lähellä joulukuusta 1192 aina keisari Henrik VI: lle maaliskuussa 1193 tapahtuneeseen luovutukseensa saakka.
vuosina 1428 ja 1432 hussilaiset joukot ryöstivät dürnsteinin kaupungin ja linnan.
vuonna 1645, kolmikymmenvuotisen sodan loppupuolella, Lennart Torstenssonin johtama ruotsalainen osasto valloitti dürnsteinin. Vetäytyessään joukot tuhosivat osia porttijärjestelmästä. Vuodesta 1662 lähtien linnassa ei ollut enää vakituista asutusta, mutta se oli vielä Itävallan-Turkin sodan (1663-1664) mahdollisena suojapaikkana.
vuonna 1663 Starhembergin Conrad Balthasar osti linnan, joka on edelleen hänen perillisiensä omistuksessa tähän päivään asti. Vuodesta 1679 lähtien linna ei kuitenkaan ollut enää asumiskelpoinen ja se hylättiin. Nykyisin linnoitus kuuluu Unescon maailmanperintökohteeseen ”Wachaun kulttuurimaisema”.