Khartoum ostroma után, most a Mahdi sírjának helye, a város gyorsan növekedett. Azonban a Omdurman csata 1898-ban (amely valójában a közeli kerreri faluban zajlott), Lord Kitchener határozottan legyőzte a mahdista erőket és megölte Abdallahi ibn Muhammad, a Khalifa, biztosítva a brit ellenőrzést Szudán felett.
1898 szeptemberében a húszezer kútfúrt emberből álló brit hadsereg, amely a legújabb fegyverekkel, Maxim ágyúkkal és Martini-Henry puskákkal volt felszerelve Horatio Herbert Kitchener tábornok parancsnoksága alatt, megszállta Szudánt. Ban, – ben Omdurman csata, a brit hadsereg szembesült szudáni védők több mint 52 000 rosszul felfegyverzett sivatagból áll dervisek; öt óra leforgása alatt a csata véget ért. A Szudáni védők sok áldozatot szenvedtek, legalább 10 000-en meghaltak. Ezzel szemben a brit oldalon kevesebb mint négyszáz áldozat volt, negyvennyolc brit katona vesztette életét. Ezután Kitchener tábornok elrendelte a Mahdi sírjának megsemmisítését, és Winston Churchill szavaival élve “levitte a Mahdi fejét egy kerozindobozban, mint trófeát”.
Kitchener visszaállította Kartúmot fővárosként, és 1899-től 1956-ig Szudánt Nagy-Britannia és Egyiptom közösen irányította. Bár a város nagy része elpusztult a csatában, Mahdi sírját helyreállították és felújították.
május 10-én 2008-ban a Darfur lázadó csoport a Justice and Equality mozgalom beköltözött a város, ahol részt vesz a nehéz harcok szudáni kormányerők. Céljuk Omar Hassan al-Bashir kormányának megdöntése volt.