Después del asedio de Jartum, ahora la ubicación de la tumba del Mahdi, la ciudad creció rápidamente. Sin embargo, en la Batalla de Omdurman en 1898 (que en realidad tuvo lugar en la cercana aldea de Kerreri), Lord Kitchener derrotó decisivamente a las fuerzas mahdistas y mató a Abdallahi ibn Muhammad, el Khalifa, asegurando el control británico sobre el Sudán.
En septiembre de 1898, el ejército británico de veinte mil hombres bien perforados equipados con las armas más recientes, cañones Maxim y rifles Martini-Henry bajo el mando del General Horatio Herbert Kitchener invadió Sudán. En la batalla de Omdurman, el Ejército Británico se enfrentó a defensores sudaneses que consistían en más de 52.000 desertores mal armados derviches; en el espacio de cinco horas la batalla terminó. The Sudanese defenders suffered many casualties, with at least 10,000 killed. En contraste, hubo menos de cuatrocientas bajas en el lado británico, con cuarenta y ocho soldados británicos que perdieron la vida. Luego, el general Kitchener ordenó la destrucción de la tumba del Mahdi y, en palabras de Winston Churchill, «se llevó la cabeza del Mahdi en una lata de queroseno como trofeo».
Kitchener restauró Jartum como capital y, desde 1899 hasta 1956, Sudán fue gobernado conjuntamente por Gran Bretaña y Egipto. Aunque la mayor parte de la ciudad fue destruida en la batalla, la tumba del Mahdi fue restaurada y renovada.
El 10 de mayo de 2008, el grupo rebelde de Darfur del Movimiento por la Justicia y la Igualdad se trasladó a la ciudad, donde participó en intensos combates con las fuerzas del gobierno sudanés. Su objetivo era derrocar al gobierno de Omar Hassan al-Bashir.