Dopo l’assedio di Khartoum, ora la posizione della tomba del Mahdi, la città crebbe rapidamente. Tuttavia, nella battaglia di Omdurman nel 1898 (che in realtà ha avuto luogo nel vicino villaggio di Kerreri), Lord Kitchener sconfisse decisamente le forze mahdiste e uccise Abdallahi ibn Muhammad, il Khalifa, assicurando il controllo britannico sul Sudan.
Nel settembre 1898 l’esercito britannico di ventimila uomini ben armati equipaggiati con le armi più recenti, i cannoni Maxim e i fucili Martini-Henry sotto il comando del generale Horatio Herbert Kitchener invase il Sudan. Nella battaglia di Omdurman, l’esercito britannico affrontò i difensori sudanesi composti da oltre 52.000 dervisci disertori mal armati; nel giro di cinque ore la battaglia era finita. I difensori sudanesi subirono molte perdite, con almeno 10.000 morti. Al contrario ci furono meno di quattrocento vittime sul lato britannico con quarantotto soldati britannici che persero la vita. Poi, il generale Kitchener procedette a ordinare la distruzione della tomba del Mahdi e nelle parole di Winston Churchill, “portato via la testa del Mahdi in una lattina di cherosene come trofeo”.
Kitchener restaurò Khartoum come capitale e, dal 1899 al 1956, il Sudan fu governato congiuntamente dalla Gran Bretagna e dall’Egitto. Anche se la maggior parte della città fu distrutta nella battaglia, la tomba del Mahdi fu restaurata e ristrutturata.
Il 10 maggio 2008 il gruppo ribelle Darfur del Movimento per la giustizia e l’uguaglianza si è trasferito nella città dove ha ingaggiato pesanti combattimenti con le forze governative sudanesi. Il loro obiettivo era quello di rovesciare il governo di Omar Hassan al-Bashir.