コンパートメントには3つの主要な役割があります。 一つは、細胞が同時に異なる代謝活性を実行することを可能にする生物学的プロセスのための物理的境界を確立することである。 これには、特定の生体分子を領域内に保持すること、または他の分子を外部に保持することが含まれ得る。 膜結合区画内では、異なる細胞内pH、異なる酵素系、および他の相違が、他の細胞小器官および細胞質ゾルから単離される。 ミトコンドリアでは、サイトゾルはNADHをNAD+に変換する酸化環境を有する。 これらのケースでは、区画化は物理的です。
もう一つは、生物学的プロセスを空間的または時間的に調節するための特定の微小環境を生成することである。 一例として、酵母液胞は、通常、膜上のプロトン輸送体によって酸性化される。
第三の役割は、プロセスが発生する特定の場所またはセルラーアドレスを確立することです。 例えば、転写因子は、ある種の遺伝子の転写を促進することができる核に向けられ得る。 タンパク質合成の面では、必要なオルガネラは比較的互いに近い。 核エンベロープ内の核小体は、リボソーム合成の位置である。 タンパク質翻訳のための合成されたリボソームの目的地は、核と同じ膜に接続され、共有されている粗小胞体（粗小胞体）である。 ゴルジ体は、包装および再配布のための粗いERの近くにもある。 同様に、細胞内区画化は、他のプロセスから単離された関連する真核細胞機能の特定の部位を可能にし、したがって効率的である。