au trei roluri principale. Una este stabilirea limitelor fizice pentru procesele biologice care permit celulei să desfășoare diferite activități metabolice în același timp. Aceasta poate include păstrarea anumitor biomolecule într-o regiune sau păstrarea altor molecule în exterior. În compartimentele legate de membrană, pH intracelular diferit, diferite sisteme enzimatice și alte diferențe sunt izolate de alte organite și citosol. Cu mitocondriile, citosolul are un mediu oxidant care transformă NADH în NAD+. Cu aceste cazuri, compartimentarea este fizică.
alta este generarea unui micro-mediu specific pentru a regla spațial sau temporal un proces biologic. De exemplu, un vacuol de drojdie este în mod normal acidificat de transportorii de protoni de pe membrană.
un al treilea rol este de a stabili locații specifice sau adrese celulare pentru care ar trebui să apară procese. De exemplu, un factor de transcripție poate fi direcționat către un nucleu, unde poate promova transcrierea anumitor gene. În ceea ce privește sinteza proteinelor, organele necesare sunt relativ apropiate una de cealaltă. Nucleolul din învelișul nuclear este locația sintezei ribozomilor. Destinația ribozomilor sintetizați pentru traducerea proteinelor este reticulul endoplasmatic dur (er dur), care este conectat și împarte aceeași membrană cu nucleul. Corpul Golgi este, de asemenea, aproape de er dur pentru ambalare și redistribuire. De asemenea, compartimentarea intracelulară permite site-uri specifice ale funcțiilor celulare eucariote conexe izolate de alte procese și, prin urmare, eficiente.