Albert Sidney Johnston se narodil ve Washingtonu, Kentucky, dne 2. února 1803. V roce 1826 byl vzděláván na americké vojenské akademii ve West Pointu. Opustil armádu Spojených států, aby se připojil k armádě v Texasu, kde se stal hlavním velitelem a ministrem války.
Johnston se vrátil do Spojených Států Armády během Mexické Války (1846-48) a v roce 1857 Prezident James Buchanan ho poslal do Utahu s federální jednotky odstranit Brigham Young od moci. Johnston velel oddělení Pacifiku až do vypuknutí americké občanské války.
pověřen generálem v armádě konfederace V květnu 1861, dostal velení nad všemi jednotkami západně od Alleghenies.
v dubnu 1862 Johnston a Pierre T. Beauregard znovu spojili své armády poblíž linie Tennessee-Mississippi. S 55 000 muži nyní převyšovali síly vedené Ulyssesem s. Grantem. 6. Dubna konfederační armáda zaútočila na Grantovu armádu v Shiloh. Grantova armáda byla překvapena a utrpěla těžké ztráty až do příchodu generála Dona Carlose Buella a posil.
během bojů 6. Dubna 1862 byl Johnston zasažen kulkou do nohy. Albert Sidney Johnston ignoroval ránu a pokračoval v boji, dokud těžká ztráta krve nevedla k tomu, že ztratil vědomí a krvácel k smrti. To byla hrozná rána pro armádu Konfederace. Vůdce armády Unie, generál Ulysses Grant, později uvedl: „jeho současníci ve West Pointu, a důstojníci obecně, kteří přišli, aby ho poznali osobně a později, kteří zůstali na naší straně, očekává, že mu dokázat, že je nejvíce impozantní muž poznat, že Konfederace bude vyrábět.“