Albert Sidney Johnston blev født i Kentucky den 2.februar 1803. Han blev uddannet på det amerikanske militærakademi i 1826. Han forlod den amerikanske hær for at slutte sig til hæren, hvor han blev øverstkommanderende og krigsminister.
Johnston vendte tilbage til den amerikanske hær under den amerikanske krig (1846-48) og i 1857 sendte præsident James Buchanan ham til Utah med føderale tropper for at fjerne Brigham Young fra magten. Johnston befalede Department of the Pacific indtil udbruddet af den amerikanske borgerkrig.
bestilt som general i den konfødererede hær i maj 1861 fik han kommandoen over alle tropper vest for Alleghenies.
i April 1862 genforenede Johnston og Pierre T. Beauregard deres hære nær Tennessee-Mississippi-linjen. Med 55.000 mand overgik de nu styrkerne ledet af Ulysses S. Grant. Den 6. April angreb den konfødererede hær Grants hær ved Shiloh. Overrasket LED Grants hær store tab indtil ankomsten af General Don Carlos Buell og forstærkninger.
under kampene den 6.April 1862 blev Johnston ramt i benet af en kugle. Albert Sidney Johnston ignorerede såret og fortsatte med at kæmpe, indtil det store blodtab førte til, at han mistede bevidstheden og blødte ihjel. Dette var et forfærdeligt slag for den konfødererede hær. Lederen af Unionshæren, General Ulysses Grant, sagde senere: “hans samtidige på Vestpunktet og officerer generelt, der lærte ham personligt at kende senere, og som forblev på vores side, forventede, at han skulle bevise den mest formidable mand til at møde, som Konføderationen ville producere.”