Albert Sidney Johnston nació en Washington, Kentucky, el 2 de febrero de 1803. Fue educado en la Academia Militar de Estados Unidos en West Point en 1826. Dejó el Ejército de los Estados Unidos para unirse al ejército en Texas, donde se convirtió en comandante en jefe y secretario de guerra.
Johnston regresó al Ejército de los Estados Unidos durante la Guerra de México (1846-48) y en 1857 el presidente James Buchanan lo envió a Utah con tropas federales para eliminar a Brigham Young del poder. Johnston comandó el Departamento del Pacífico hasta el estallido de la Guerra Civil Americana.
Comisionado como general en el Ejército Confederado en mayo de 1861, se le dio el mando de todas las tropas al oeste de Alleghenies.
En abril de 1862, Johnston y Pierre T. Beauregard reunieron a sus ejércitos cerca de la línea Tennessee-Misisipi. Con 55.000 hombres, ahora superaban en número a las fuerzas lideradas por Ulysses S. Grant. El 6 de abril, el Ejército Confederado atacó al ejército de Grant en Shiloh. Tomado por sorpresa, el ejército de Grant sufrió grandes pérdidas hasta la llegada del general Don Carlos Buell y refuerzos.
Durante los combates del 6 de abril de 1862, Johnston fue alcanzado en la pierna por una bala. Albert Sidney Johnston ignoró la herida y continuó luchando hasta que la gran pérdida de sangre lo llevó a perder el conocimiento y sangrar hasta morir. Este fue un golpe terrible para el Ejército Confederado. El líder del Ejército de la Unión, el General Ulysses Grant, declaró más tarde: «sus contemporáneos en West Point, y en general los oficiales que lo conocieron personalmente más tarde y que permanecieron de nuestro lado, esperaban que probara ser el hombre más formidable que la Confederación produciría.»