Albert Sidney Johnston syntyi Washingtonissa Kentuckyssa 2.helmikuuta 1803. Hän opiskeli Yhdysvaltain sotilasakatemiassa West Pointissa vuonna 1826. Hän jätti Yhdysvaltain armeijan liittyäkseen armeijaan Texasissa, jossa hänestä tuli ylipäällikkö ja sotaministeri.
Johnston palasi Yhdysvaltain armeijaan Meksikon sodan (1846-48) aikana ja vuonna 1857 presidentti James Buchanan lähetti hänet liittovaltion joukkojen kanssa Utahiin syrjäyttämään Brigham Youngin vallasta. Johnston komensi departementtia Tyynellämerellä Yhdysvaltain sisällissodan syttymiseen saakka.
komennettuna konfederaation armeijaan toukokuussa 1861, hän sai komentoonsa kaikki alleghenien länsipuoliset joukot.
huhtikuussa 1862 Johnston ja Pierre T. Beauregard yhdistivät armeijansa lähelle Tennesseen ja Mississippin rajaa. Heillä oli 55 000 miestä enemmän kuin Ulysses S. Grantin johtamilla joukoilla. 6. huhtikuuta Konfederaation armeija hyökkäsi Grantin armeijaa vastaan Shilohissa. Yllätyksenä Grantin armeija kärsi raskaita tappioita kenraali Don Carlos Buellin ja lisäjoukkojen saapumiseen saakka.
6. huhtikuuta 1862 käydyissä taisteluissa Johnstonia osui luoti jalkaan. Albert Sidney Johnston ei välittänyt haavasta ja jatkoi taistelua, kunnes raskas verenhukka johti siihen, että hän menetti tajuntansa ja vuosi kuiviin. Tämä oli kauhea isku Konfederaation armeijalle. Unionin armeijan johtaja, kenraali Ulysses Grant, totesi myöhemmin: ”hänen aikalaisensa West Pointissa, ja yleensä upseerit, jotka oppivat tuntemaan hänet henkilökohtaisesti myöhemmin ja jotka pysyivät puolellamme, odottivat hänen osoittavan pelottavimman vastaantulevan miehen, jonka Konfederaatio tuottaisi.”