efter belejringen af Khartoum, nu placeringen af mahdis grav, voksede byen hurtigt. Imidlertid i Slaget ved Omdurman i 1898 (som faktisk fandt sted i den nærliggende landsby Kerreri) besejrede Lord Kitchener beslutsomt Mahdist-styrkerne og dræbte Abdallahi ibn Muhammad, Khalifa, hvilket sikrede britisk kontrol over Sudan.
i September 1898 den britiske hær på tyve tusind godt borede mænd udstyret med de nyeste våben, maksimale kanoner og Martini-Henry rifler under kommando af GeneralHoratio Herbert Kitchener invaderede Sudan. I Slaget ved Omdurman stod den britiske hær over for Sudanesiske forsvarere bestående af over 52.000 dårligt bevæbnede deserttribesmen dervishes; i løbet af fem timer var kampen forbi. De sudanesiske forsvarere led mange tab med mindst 10.000 dræbte. Derimod var der færre end fire hundrede tab på den britiske side med otteogfyrre britiske soldater, der mistede deres liv. Derefter fortsatte General Kitchener med at beordre ødelæggelsen af Mahdis grav og med ordene fra Churchill “Bar Mahdiens hoved af i en petroleumsdåse som et trofæ”.
Kitchener gendannede Khartoum som hovedstad, og fra 1899 til 1956 blev Sudan i fællesskab styret af Storbritannien og Egypten. Selvom det meste af byen blev ødelagt i slaget, blev Mahdis grav restaureret og renoveret.
den 10.maj 2008 flyttede Darfur-oprørsgruppen for retfærdighed og Ligestillingsbevægelse ind i byen, hvor de deltog i hårde kampe med Sudanesiske regeringsstyrker. Deres mål var at vælte Omar Hassan al-Bashirs regering.