Nach der Belagerung von Khartum, wo sich heute das Grab des Mahdi befindet, wuchs die Stadt schnell. In der Schlacht von Omdurman im Jahr 1898 (die tatsächlich im nahe gelegenen Dorf Kerreri stattfand) besiegte Lord Kitchener jedoch die mahdistischen Streitkräfte entscheidend und tötete Abdallahi ibn Muhammad, den Khalifa, wodurch die britische Kontrolle über den Sudan sichergestellt wurde.
Im September 1898 fiel die britische Armee von zwanzigtausend gut gebohrten Männern, die mit den neuesten Waffen, Maxim-Kanonen und Martini-Henry-Gewehren unter dem Kommando von GeneralHoratio Herbert Kitchener ausgestattet waren, in den Sudan ein. In der Schlacht von Omdurman stand die britische Armee sudanesischen Verteidigern gegenüber, die aus über 52.000 schlecht bewaffneten Deserttribesmen Derwischen bestanden; Innerhalb von fünf Stunden war die Schlacht vorbei. Die sudanesischen Verteidiger erlitten viele Opfer, mindestens 10.000 wurden getötet. Im Gegensatz dazu gab es auf britischer Seite weniger als vierhundert Opfer, wobei achtundvierzig britische Soldaten ihr Leben verloren. Dann befahl General Kitchener die Zerstörung des Mahdi-Grabes und in den Worten von Winston Churchill „trug den Kopf des Mahdi in einer Kerosindose als Trophäe ab“.
Kitchener stellte Khartum als Hauptstadt wieder her und von 1899 bis 1956 wurde der Sudan gemeinsam von Großbritannien und Ägypten regiert. Obwohl der größte Teil der Stadt in der Schlacht zerstört wurde, wurde das Grab des Mahdi restauriert und renoviert.
Am 10.Mai 2008 zog die Darfur-Rebellengruppe der Gerechtigkeits- und Gleichstellungsbewegung in die Stadt ein, wo sie schwere Kämpfe mit sudanesischen Regierungstruppen führte. Ihr Ziel war es, die Regierung von Omar Hassan al-Baschir zu stürzen.