Als Shabaka Unterägypten eroberte und damit die nubische Herrschaft behauptete, wurde er von seinem Neffen Taharqa begleitet, der ungefähr 20 Jahre alt war. Später, während Shabakas Herrschaft als Pharao, Ägypten konfrontiert die wachsende Macht von Assyrien auf dem Schlachtfeld. Taharqa stand an der Spitze der ägyptischen Armee, aber es ist nicht klar, ob die beiden Streitkräfte tatsächlich gekämpft haben. Taharqas Bruder Shabataka folgte Shabaka, und er machte Taharqa zu seinem Mitregenten, um seine Nachfolge zu sichern. Ungefähr 688 v.Chr., ungefähr 23 Jahre nachdem nubische Regel über Ägypten auferlegt worden war, übernahm Taharqa den Thron in seinem eigenen Recht.
Die nächsten Jahre verliefen friedlich, und Taharqa verlegte seine Hauptstadt nach Tanis im Delta, damit er über die Ereignisse in den asiatischen Nachbarländern gut informiert bleiben konnte. Um 671 v.Chr. näherten sich Ägypten und Assyrien erneut einer Konfrontation, und Taharqa bereitete sich darauf vor, für das weitere Überleben Ägyptens zu kämpfen. Aber der assyrische König Esarhaddon überquerte die Sinai-Wüste und besiegte Taharqas Armee an der Grenze. In 2 Wochen belagerte er Memphis. Die ägyptische Armee zerfiel unter dem Angriff der besser disziplinierten assyrischen Armee, die mit eisernen Waffen bewaffnet war.
Taharqa floh nach Oberägypten und verließ Esarhaddon, um die Kontrolle über Unterägypten zu übernehmen. Zwei Jahre später kehrte Taharqa mit einer frischen Armee zurück und schaffte es, die Kontrolle über das Delta zurückzugewinnen, aber dieser Erfolg war nur von kurzer Dauer, und Esar-Haddons Nachfolger, Ashurbanipal, trieb Taharqa wieder nach Süden. Nach dieser endgültigen Niederlage versuchte er nie wieder, im Norden zu kämpfen. Ägypten trat dann in eine lange Ära aufeinanderfolgender ausländischer Herrscher ein.
Während seiner ägyptischen Herrschaft hatte Taharqa wie seine nubischen Vorgänger viele architektonische Projekte gefördert. Er errichtete Denkmäler in Karnak, Theben und Tanis in Unterägypten und baute eine Reihe wichtiger Tempel in Kusch, wie der oberägyptische nubische Staat damals genannt wurde. In den letzten 8 Jahren seines Lebens in Kusch pflegte er weiterhin seine architektonischen Interessen.
In 663 v. Chr. Taharqa akzeptiert als coregent Tanutamon, dessen genaue Beziehung zu ihm ist nicht klar. Im nächsten Jahr starb Taharqa und wurde in einer Pyramide in Nuri begraben. Tanutamon war sofort selbst in Unterägypten eingedrungen, als er Coregent genannt wurde, und es gelang ihm, fast ein Jahrzehnt lang die Kontrolle darüber zu erlangen, nur um von den Assyrern vertrieben zu werden, wie Taharqa gewesen war. Obwohl es den Nubiern gelungen war, Ägypten nur etwa 75 Jahre lang zu regieren, überlebte ihr Königreich Kusch im Nordsudan fast ein Jahrtausend.