Fächer haben drei Hauptrollen. Eine besteht darin, physikalische Grenzen für biologische Prozesse festzulegen, die es der Zelle ermöglichen, verschiedene Stoffwechselaktivitäten gleichzeitig auszuführen. Dies kann das Halten bestimmter Biomoleküle innerhalb einer Region oder das Halten anderer Moleküle außerhalb umfassen. Innerhalb der membrangebundenen Kompartimente werden unterschiedlicher intrazellulärer pH-Wert, unterschiedliche Enzymsysteme und andere Unterschiede aus anderen Organellen und Cytosolen isoliert. Bei Mitochondrien hat das Cytosol eine oxidierende Umgebung, die NADH in NAD + umwandelt. In diesen Fällen ist die Kompartimentierung physisch.
Eine andere besteht darin, eine spezifische Mikroumgebung zu erzeugen, um einen biologischen Prozess räumlich oder zeitlich zu regulieren. Beispielsweise wird eine Hefevakuole normalerweise durch Protonentransporter auf der Membran angesäuert.
Eine dritte Rolle besteht darin, bestimmte Standorte oder Mobilfunkadressen festzulegen, für die Prozesse ablaufen sollen. Beispielsweise kann ein Transkriptionsfaktor auf einen Zellkern gerichtet sein, wo er die Transkription bestimmter Gene fördern kann. In Bezug auf die Proteinsynthese sind die notwendigen Organellen relativ nahe beieinander. Der Nukleolus innerhalb der Kernhülle ist der Ort der Ribosomensynthese. Das Ziel synthetisierter Ribosomen für die Proteintranslation ist das raue endoplasmatische Retikulum (Rough ER), das mit dem Zellkern verbunden ist und dieselbe Membran teilt. Der Golgi-Körper ist auch in der Nähe des rauen ER zum Verpacken und Umverteilen. Ebenso ermöglicht die intrazelluläre Kompartimentierung spezifische Stellen verwandter eukaryotischer Zellfunktionen, die von anderen Prozessen isoliert und daher effizient sind.