vuonna 1994 Kalifornian Lääkintöhallitus tutki useita erittäin vakavia potilaittensa ja heidän läheistensä tekemiä valituksia ja totesi, että Tri Frank A. Shallenbergeriin kohdistettiin useita kurinpitotoimia ”törkeän epäpätevyyden”, ”toistuvien törkeän huolimattomuuden” ja ”epärehellisyyden ja korruption vuoksi, jotka liittyvät olennaisesti lääkärin ja kirurgin pätevyyteen, tehtäviin tai velvollisuuksiin.”Vastaukseksi tri. Shallenberger päätti olla kiistämättä lautakunnan havaintoja, mutta luopui lisenssistään harjoittaa lääketiedettä Kalifornian osavaltiossa.
menetettyään ajokorttinsa Kaliforniassa tohtori Shallenberger muutti Nevadaan, jossa hän nykyään johtaa Carson Cityssä toimivaa Nevada Center for Alternative and Anti-Aging Medicine-nimistä keskusta.
vuonna 1995 Tri Shallenberger ei ilmoittanut Nevadan viranomaisille Kalifornian ajokorttinsa luovuttamisesta, joten Nevadan Oikeuslääkärien lautakunta kehotti häntä julkisesti. Hallituksen puheenjohtaja Thomas Scully, MD, kirjoitti Shallenberger, ” käytöksesi heittää suurta häpeää teidän henkilökohtaisesti ja ammatillisesti, ja kun lääkäri yleensä. Velvollisuuteni Nevadan osavaltion Kuolinsyyntutkijalautakunnan puheenjohtajana on nuhdella teitä virallisesti ja julkisesti käytöksestänne.”
syyskuussa 2007 Shallenbergpleaded guilty to one count of medical malpractice in response to another practice against him. Tapaus syntyi seurauksena shallenberger n kaltoinkohtelu David Horton, joka kuoli sen jälkeen, kun Shallenberger misdiagnosed hänen paksusuolen syöpä kuin peräpukamat, hoiti häntä witch-hazel ja muita tehottomia korjaustoimenpiteitä, sitten, kun Horton syöpä oli levinnyt, tuloksetta yrittänyt torjua taudin withinsuliini Potention Therapy, kiistanalainen hoito, joka on vielä hyväksymättä valtavirran onkologit.
koska Lääkintöhallitus on aiemmin suojellut vaarallisia lääkäreitä, se ei peruuttanut tai keskeyttänyt Shallenbergerin toimilupaa. Sen sijaan hänen suorasta osuudestaan potilaansa kuolemaan lautakunta määräsi hänelle vain 5 000 dollarin sakot ja määräsi hänet maksamaan 6 500 euron oikeudenkäyntikulut.
samassa kokouksessa lautakunta esitti toisen valituksen Shallenbergeriä vastaan väittäen, että se ei voinut kurittaa häntä vaikeasta kognitiivisesta heikentymisestä kärsivän potilaan kaltoinkohtelusta, koska hänellä on myös homeopaattinen lupa, ja Lääkintöhallituksen mukaan tuolloin Nevadan homeopaattien ei tarvitse noudattaa tavanomaisia lääkärinhoitostandardeja, vaikka niillä olisi myös lääkärin lupa.
elokuussa 2009 Lääkintöhallitus vastasi jälleen yhteen shallenbergeriä vastaan tehtyyn valitukseen, jossa häntä syytettiin kahdesta hoitovirheestä, koska hän oli tehnyt väärän diagnoosin ja pahoinpidellyt potilasta laiminlyömällä laboratoriotuloksia ja määräämällä lääkkeitä väärin. Toisin kuin aikaisempi väite, jonka mukaan se ei ollut vastuussa homeopaattisten MD: n valvonnasta, lautakunta veloitti Shallenbergeriä hoitovirheestä osittain siksi, että hän oli käyttänyt homeopaattisia testejä ”väärin diagnosoidakseen” potilaan ”kilpirauhasen vajaatoiminnaksi normaalien laboratoriotulosten edessä.”