i 1994, baseret på sin undersøgelse af flere ekstremt alvorlige klager fra hans patienter og deres kære, fandt Medical Board of California, at Dr. Frank A. Shallenberger var underlagt flere disciplinære handlinger på grund af “grov inkompetence”, “gentagne handlinger af grov uagtsomhed” og “handlinger af uærlighed og korruption, der i det væsentlige er relateret til kvalifikationer, funktioner eller pligter hos en læge og kirurg.”Som svar sagde dr. Shallenberger valgte ikke at bestride bestyrelsens resultater, men at opgive sin licens til at praktisere medicin i staten Californien.
efter at have mistet sin licens i Californien flyttede Dr. Shallenberger til Nevada, hvor han nu driver Nevada Center for alternativ og anti-Aging medicin i Carson City.
i 1995, efter at have undladt at underrette Nevada-embedsmænd om overgivelsen af hans californiske licens, blev Dr. Shallenberger offentligt formanet af Nevada Board of Medical eksaminatorer. Formanden for bestyrelsen, Thomas Scully, MD, skrev til Shallenberger, ” din adfærd kaster stor miskredit på dig personligt og professionelt, og på den medicinske profession i almindelighed. Det er min ubehagelige pligt som præsident for Nevada State Board of Medical Eksaminators at formelt og offentligt irettesætte dig for din opførsel.”
i September 2007, Shallenberger erklærede sig skyldig i en optælling af medicinsk fejlbehandling som svar på en anden klage mod ham. Sagen opstod som en konsekvens af shallenbergers mishandling af David Horton, der døde, efter at Shallenberger fejlagtigt diagnosticerede sin tyktarmskræft som hæmorroider, behandlede ham med heksehassel og andre ineffektive midler, derefter, efter at Hortons kræft havde spredt sig, forsøgte uden held at bekæmpe sygdommen medinsulinpotentieringsterapi, en kontroversiel behandling, der endnu ikke er accepteret af almindelige onkologer.
i overensstemmelse med sin historie om beskyttelse af farlige læger tilbagekaldte eller suspenderede lægestyrelsen ikke Shallenbergers Licens. I stedet for hans direkte bidrag til hans patients død bød theBoard ham kun $5.000 og beordrede ham til at betale $6.500 i sagsomkostninger.
på samme møde afviste Bestyrelsenafskediget en anden klage mod Shallenberger og fastholdt, at den ikke kunne disciplinere ham for at mishandle en patient med alvorlige kognitive svækkelser, fordi han også har en homøopatisk licens, og ifølge medicinsk bestyrelse på det tidspunkt behøver homøopater i Nevada ikke at overholde almindelige standarder for lægehjælp, selv når de også er licenseret MD ‘ er.
i August 2009 reagerede lægestyrelsen på endnu en klage mod Shallenberger og anklagede ham for to tilfælde af fejlbehandling for fejldiagnosticering og mishandling af en patient ved at ignorere laboratorieresultater og forkert ordinering af medicin. I modsætning til dets tidligere påstand om, at det ikke var ansvarligt for at føre tilsyn med homøopatiske MD ‘ er, anklagede bestyrelsen Shallenberger for fejlbehandling dels fordi han havde brugt homøopatiske tests til at “forkert diagnosticere” en patient “som hypothyroidisme i lyset af normale laboratorieresultater.”