i 1994, baserat på sin undersökning av flera extremt allvarliga klagomål från sina patienter och deras nära och kära, fann Medical Board of California att Dr.Frank A. Shallenberger var föremål för flera disciplinära åtgärder på grund av ”grov inkompetens”, ”upprepade handlingar av grov vårdslöshet” och ”handlingar av oärlighet och korruption som väsentligen är relaterade till kvalifikationer, funktioner eller uppgifter hos en läkare och kirurg.”Som svar, Dr. Shallenberger valde att inte bestrida styrelsens resultat, utan att ge upp sin licens att utöva medicin i delstaten Kalifornien.
efter att ha förlorat sin licens i Kalifornien flyttade Dr. Shallenberger till Nevada, där han nu driver Nevada Center for Alternative and Anti-Aging Medicine i Carson City.
1995, efter att ha misslyckats med att meddela Nevada-tjänstemän om överlämnandet av hans Kalifornienlicens, uppmanades Dr.Shallenberger offentligt av Nevada Board of Medical Examiners. Styrelsens ordförande, Thomas Scully, MD, skrev till Shallenberger, ” ditt beteende kastar stor diskreditering på dig personligen och professionellt och på läkaryrket i allmänhet. Det är min obehagliga plikt som president för Nevada State Board of Medical Examiners att formellt och offentligt tillrättavisa dig för ditt beteende.”
i September 2007 anklagade Shallenberger sig skyldig till en räkning av medicinsk felbehandling som svar på ett annat klagomål mot honom. Fallet uppstod som en följd avhallenbergers misshandel av David Horton, som dog efter att Shallenberger felaktigt diagnostiserat sin koloncancer som hemorrojder, behandlade honom med häxhasel och andra ineffektiva medel, sedan, efter att Hortons cancer hade spridit sig, försökte framgångsrikt bekämpa sjukdomen medinsulinpotentieringsterapi, en kontroversiell behandling som ännu inte har accepterats av vanliga onkologer.
i linje med sin historia att skydda farliga läkare återkallade medicinska styrelsen inte eller upphävde Shallenbergers licens. Istället, för sitt direkta bidrag till sin patients död, bötfällde theBoard honom bara 5 000 dollar och beordrade honom att betala 6 500 dollar i rättegångskostnader.
vid samma möte, Styrelsenmissade ett andra klagomål mot Shallenberger och hävdade att det inte kunde disciplinera honom för att misshandla en patient med allvarliga kognitiva funktionsnedsättningar eftersom han också har en homeopatisk licens, och enligt medicinska styrelsen vid den tiden behöver homeopater i Nevada inte överensstämma med vanliga standarder för medicinsk vård även när de också är licensierade läkare.
i augusti 2009 svarade medicinska styrelsen på ännu ett klagomål mot Shallenberger och anklagade honom för två fall av felbehandling för feldiagnos och misshandel av en patient genom att ignorera laboratorieresultat och felaktigt förskriva medicinering. I motsats till dess tidigare påstående att det inte var ansvarigt för att övervaka homeopatiska MD: er, debiterade styrelsen Shallenberger med felbehandling delvis för att han hade använt homeopatiska tester för att ”felaktigt diagnostisera” en patient ”som hypotyreoidism inför normala laboratorieresultat.”