Im Jahr 1994 stellte das Medical Board of California auf der Grundlage seiner Untersuchung mehrerer äußerst schwerwiegender Beschwerden seiner Patienten und ihrer Angehörigen fest, dass Dr. Frank A. Shallenberger aufgrund von „grober Inkompetenz“, „wiederholter grober Fahrlässigkeit“ und „Unehrlichkeit und Korruption“ mehreren Disziplinarmaßnahmen ausgesetzt war, die im Wesentlichen mit den Qualifikationen, Funktionen oder Pflichten eines Arztes und Chirurgen zusammenhängen.“ Als Antwort, Dr. Shallenberger entschied sich, die Feststellungen der Kammer nicht anzufechten, sondern seine Lizenz zur Ausübung der Medizin im Bundesstaat Kalifornien aufzugeben.
Nach dem Verlust seiner Lizenz in Kalifornien zog Dr. Shallenberger nach Nevada, wo er heute das Nevada Center for Alternative and Anti-Aging Medicine in Carson City leitet.
1995 wurde Dr. Shallenberger vom Nevada Board of Medical Examiners öffentlich ermahnt, nachdem er die Beamten von Nevada nicht über die Übergabe seiner kalifornischen Lizenz informiert hatte. Der Präsident des Verwaltungsrates, Thomas Scully, MD, schrieb an Shallenberger: „Ihr Verhalten bringt Sie persönlich und beruflich sowie die Ärzteschaft im Allgemeinen in großes Misskredit. Es ist meine unangenehme Pflicht als Präsident des Nevada State Board of Medical Examiners, Sie formal und öffentlich für Ihr Verhalten zu rügen.“
Im September 2007 bekannte sich Shallenbergerin Reaktion auf eine weitere Beschwerde gegen ihn in einer Anklageschrift wegen ärztlichen Fehlverhaltens schuldig. Der Fall entstand als Folge Ofshallenbergers Misshandlung von David Horton, der starb, nachdem Shallenberger seinen Darmkrebs als Hämorrhoiden falsch diagnostiziert hatte, ihn mit Hamamelis und anderen unwirksamen Mitteln behandelte und dann, nachdem sich Hortons Krebs ausgebreitet hatte, erfolglos versuchte, die Krankheit mit einer Insulinpotenzierungstherapie zu bekämpfen, einer umstrittenen Behandlung, die von Mainstream-Onkologen noch nicht akzeptiert wurde.
Im Einklang mit seiner Geschichte des Schutzes gefährlicher Ärzte hat die Ärztekammer die Lizenz von Shallenberger nicht widerrufen oder ausgesetzt. Stattdessen verurteilte ihn das Gericht für seinen direkten Beitrag zum Tod seines Patienten mit einer Geldstrafe von nur 5.000 US-Dollar und forderte ihn auf, 6.500 US-Dollar an Rechtskosten zu zahlen.
In derselben Sitzung wies der Vorstand eine zweite Beschwerde gegen Shallenberger zurück und behauptete, er könne ihn nicht disziplinieren, weil er einen Patienten mit schweren kognitiven Beeinträchtigungen misshandelt habe, weil er auch eine homöopathische Lizenz besitzt, und nach Angaben des damaligen Medical Board müssen Homöopathen in Nevada nicht den üblichen Standards der medizinischen Versorgung entsprechen, selbst wenn sie auch lizenzierte MDS sind.
Im August 2009 reagierte die Ärztekammer auf eine weitere Beschwerde gegen Shallenberger und beschuldigte ihn wegen zweifachen Fehlverhaltens wegen Fehldiagnose und Misshandlung eines Patienten, indem sie Laborergebnisse ignorierte und Medikamente falsch verschrieb. Im Gegensatz zu seiner früheren Behauptung, dass es nicht für die Überwachung homöopathischer MDS verantwortlich sei, beschuldigte der Vorstand Shallenberger wegen Fehlverhaltens, zum Teil, weil er homöopathische Tests verwendet hatte, um einen Patienten „als Hypothyreose angesichts normaler Laborergebnisse“ falsch zu diagnostizieren.“