Henrik VIII: n pyyntö saada erivapaus avioliitostaan Katariina Aragonialaisen kanssa jäi klementiltä suurelta osin huomiotta, sillä Katariinan veljenpoika sattui olemaan keisari Kaarle V. hänen kieltäytymisensä erivapaudesta johti suureen skismaan Englannissa vuonna 1534, vähän ennen Klemensin kuolemaa. Henry oli hänen avioliitto Catherine julistetaan mitättömäksi ja naimisissa Anne Boleyn tammikuussa 1533, mikä johti hänen kirkonkiroukseen, jonka Clement 11. heinäkuuta samana vuonna.
samaan aikaan Englannin menettämisen aiheuttaman kuohunnan keskellä Martti Lutherin hyökkäys paavien ensisijaisuutta ja pappien korruptiota vastaan ei voinut olla onnistumatta. Kaarle V itse asiassa auttoi uskonpuhdistusta antamalla Lutherin laajentaa vaikutusvaltaansa koko Saksaan. Lopputulokseen saattoi vaikuttaa yleisneuvosto, jota Klemens ei kutsunut koolle, mikä joudutti protestanttisen reformin vaikutuksia ja lisäsi sen suosiota.
uudistusta tarvittiin ilmeisesti itse katolisen kirkon sisällä. Jo vuonna 1517 oli yritetty uudistaa pahamaineisen korruptoituneita uskontokuntia. Useat veljeskunnat, jotka koostuivat sekä maallikoista että papeista, yhdistyivät varaamaan hartaita pappeja jakamaan sakramentteja ja viettämään moraalisesti esimerkillistä elämää. Näihin vasta muodostettuihin sääntökuntiin liittyi reformoituja sääntökuntia, eivätkä ne harjoittaneet ainoastaan katumusharjoituksia, jotka puuttuivat kipeästi heidän harjoittamistaan maallistuneista tavoista, vaan ne palvelivat myös köyhien tarpeita. Vuoteen 1534 mennessä Ignatius Loyolalainen järjesti hengellisen armeijan taistelemaan harhaoppia vastaan ja olemaan paavin palveluksessa. He kutsuivat itseään Jeesuksen seuraksi, Jesuiitoiksi, ja heistä tuli tärkein keino saada aikaan rakentava muutos moraalisesti turmeltuneessa kirkossa. Heidän perustamansa katoliset yliopistot ja lähetystyönsä tekivät heistä paavinistuimen pääpuolustajia, ja he ovat vaikutusvaltaisia vielä nykyäänkin.
Klemensin kyvyt ja vahvuudet olivat oppineen ja taiteiden suojelijan, eivät paavin. Hänen poliittisen menestyksensä puute, joka johti Rooman erottamiseen, protestanttisen uskon leviämiseen Saksan ulkopuolelle suureen osaan Pohjois-Eurooppaa ja skisma Englannin kanssa, ei kuitenkaan vähentänyt sitä hyvää, mitä hän yritti tehdä vastustamalla Espanjan inkvisition ylilyöntejä ja hänen myötätuntoaan juutalaisia kohtaan, jotka oli pakotettu kasteelle siihen aikaan.
hänen ansiokseen nousivat tuolloin valmistuneet taideteokset. Teoksia Cellini, kultaseppä ja kuvanveistäjä, ja Michaelangelo jonka hän tilasi maalata Viimeinen tuomio Sikstuksen kappelissa oli vain kaksi. Hän ystävystyi Erasmuksen kaltaisten tunnettujen Renessanssiajattelijoiden kanssa. Hän oli historioitsija Machiavellin suojelija. Hän laajensi Vatikaanin kirjastoa, restauroi ja kaunisti kirkkoja ja rakennuksia Roomassa, ja hän sai päätökseen kaupungin linnoitustyöt.
Klemens VII kuoli vuonna 1534 ja hänet haudattiin Santa Maria Sopran Minervaan serkkuaan, paavi Leo X: ää vastapäätä.