アルバート-シドニー-ジョンストンは2月、1803年にケンタッキー州ワシントンで生まれた。 1826年にウェストポイントの陸軍士官学校で教育を受けた。 彼はテキサス州の軍隊に加わるためにアメリカ陸軍を離れ、そこで彼は最高司令官と陸軍長官になった。
ジョンストンはメキシコ戦争（1846年-1848年）の間にアメリカ軍に戻り、1857年にジェームズ-ブキャナン大統領はブリガム-ヤングを権力から取り除くために連邦軍と一緒にユタ州に送った。 ジョンストンは南北戦争が勃発するまで太平洋方面軍の指揮を執った。
1861年5月に南軍の将軍に任命され、アレゲニー以西の全軍の指揮権を与えられた。
1862年4月、ジョンストンとピエール・T・ボーリガードはテネシー・ミシシッピ線の近くで軍隊を再結成した。 55,000名の部隊がユリシーズ・グラント率いる部隊を上回っていた。 4月6日、南軍はシャイローでグラント軍を攻撃した。 驚いたグラント軍はドン・カルロス・ビューエル将軍と援軍が到着するまで大きな損失を被った。
1862年4月6日の戦闘中、ジョンストンは銃弾で脚を撃たれた。 アルバート-シドニー-ジョンストンは傷を無視し、血が大量に失われて意識を失い、出血して死に至るまで戦い続けた。 これは南軍にひどい打撃を与えた。 北軍の指導者ユリシーズ・グラント将軍は後にこう述べた。: 「ウェストポイントの同時代の者たち、そして後に個人的に彼を知るようになり、我々の側に残った士官たちは、彼が南軍が生み出すであろうことを満たすために最も手ごわい男を証明することを期待していた。”