En septiembre de 1957, con la ayuda de Daisy Bates, una prominente activista de los derechos civiles en el centro de Arkansas, Malinda Brown se propuso integrar a Little Rock Central High School junto con otros ocho estudiantes afroamericanos. Los estudiantes originalmente intentaron ingresar a la escuela el 4 de septiembre de 1957, pero fueron detenidos por la Guardia Nacional de Arkansas, llamada por el gobernador Orval Faubus. En respuesta, el presidente Dwight D. Eisenhower envió 1.200 paracaidistas estadounidenses de la 101a División Aerotransportada para ayudar a los Little Rock Nine a ingresar a la escuela. El 25 de septiembre de 1957, Brown-Trickey junto con los otros ocho estudiantes desegregaron la Escuela Secundaria Little Rock Central.
A pesar de que las tropas estuvieron estacionadas en la escuela secundaria durante todo el año escolar de los años 57 y 58, los nueve estudiantes fueron acosados física y verbalmente por sus compañeros de clase. Brown-Trickey fue la primera suspendida de Little Rock Nine y fue la única en ser expulsada. Su suspensión fue el resultado de un incidente que tuvo lugar el 17 de diciembre de 1957. Mientras caminaba por la abarrotada cafetería durante el almuerzo, Brown-Trickey fue acosada y terminó dejando caer su bandeja de almuerzo y derramando chile sobre dos estudiantes varones. Fue suspendida de la escuela por seis días. Después de su suspensión, Minnijean regresó a la escuela y un estudiante blanco derramó sopa sobre ella. Sólo fue suspendido dos días. Más tarde, en febrero, un grupo de chicas arrojó un bolso lleno de cerraduras combinadas a Minnijean. Ella respondió llamando a las chicas «basura blanca» y fue expulsada de inmediato. Después de su expulsión, los estudiantes de Central pasaron una nota alrededor de la cual decía: «Uno menos, quedan ocho.»
Después del incidente, Brown-Trickey se mudó a Nueva York y vivió con los doctores Kenneth B. y Mamie Clark. El Clarks eran afroamericanos psicólogos los que ayudaron con el argumento presentado por la Asociación Nacional para el Avance de Personas de Color (NAACP) en el Brown contra la Junta de Educación de caso.
Brown-Trickey asistió a la Nueva Escuela Lincoln en Manhattan para los grados 11 y 12.