na het beleg van Khartoem, nu de locatie van het graf van de Mahdi, groeide de stad snel. Echter, in de Slag bij Omdurman in 1898 (die eigenlijk plaatsvond in het nabijgelegen dorp Kerreri) versloeg Lord Kitchener op beslissende wijze de Mahdistische troepen en doodde Abdallahi ibn Muhammad, De Khalifa, om de Britse controle over Soedan te verzekeren.In September 1898 viel het Britse leger van twintigduizend goed geboorde mannen uitgerust met de laatste wapens, Maxim guns en Martini-Henry rifles onder bevel van generaal Horatio Herbert Kitchener Soedan binnen. In de slag bij Omdurman stond het Britse leger tegenover Soedanese verdedigers bestaande uit meer dan 52.000 slecht bewapende deserttribesmannen derwisjen; in vijf uur tijd was de slag voorbij. De Soedanese verdedigers leden veel slachtoffers, met minstens 10.000 doden. Aan Britse zijde vielen minder dan vierhonderd slachtoffers, waarbij achtenveertig Britse soldaten om het leven kwamen. Daarna gaf generaal Kitchener opdracht tot de vernietiging van het graf van de Mahdi en in de woorden van Winston Churchill, “droeg het hoofd van de Mahdi af in een kerosineblik als trofee”.Kitchener herstelde Khartoem als hoofdstad en van 1899 tot 1956 werd Soedan gezamenlijk geregeerd door Groot-Brittannië en Egypte. Hoewel het grootste deel van de stad tijdens de slag werd verwoest, werd het graf van de Mahdi gerestaureerd en gerenoveerd.Op 10 mei 2008 trok de Darfur rebellengroep van de Justice and Equality Movement naar de stad, waar ze zware gevechten voerden met Soedanese regeringstroepen. Hun doel was om Omar Hassan al-Bashir ‘ s regering omver te werpen.