w 1994 roku, na podstawie dochodzenia w sprawie kilku niezwykle poważnych skarg od jego pacjentów i ich bliskich, komisja medyczna Kalifornii stwierdziła, że dr Frank A. Shallenberger był przedmiotem wielu działań dyscyplinarnych z powodu „rażącej niekompetencji”, „powtarzających się aktów rażącego zaniedbania „oraz” aktów nieuczciwości i korupcji, które są zasadniczo związane z kwalifikacjami, funkcjami lub obowiązkami lekarza i chirurga.”W odpowiedzi, Dr. Shallenberger postanowił nie kwestionować ustaleń Rady, ale oddać licencję na praktykę lekarską w stanie Kalifornia.
po utracie licencji w Kalifornii Dr Shallenberger przeniósł się do Nevady, gdzie obecnie prowadzi Nevada Center for Alternative and Anti-Aging Medicine w Carson City.
w 1995 roku, po nieudanym powiadomieniu urzędników Nevady o przekazaniu Licencji kalifornijskiej, Dr Shallenberger został publicznie upomniany przez Nevada Board of Medical Examiners. Prezes Zarządu, Thomas Scully, MD, napisał do Shallenberger, ” twoje zachowanie rzuca wielką dyskredytację na ciebie osobiście i zawodowo, a na zawodu lekarza w ogóle. Moim nieprzyjemnym obowiązkiem jako przewodniczącego rady lekarzy Stanu Nevada jest oficjalne i publiczne upomnienie cię za Twoje zachowanie.”
Sprawa powstała w wyniku złego traktowania przez hallenbergera Davida Hortona, który zmarł po tym, jak Shallenberger błędnie zdiagnozował raka jelita grubego jako hemoroidy, potraktował go oczarem wirginijskim i innymi nieskutecznymi środkami, a następnie, po rozprzestrzenieniu się raka Hortona, bezskutecznie próbował zwalczać chorobę za pomocą terapii wzmacniającej insulinę, kontrowersyjnego leczenia, które nie zostało jeszcze zaakceptowane przez onkologów głównego nurtu.
zgodnie ze swoją historią ochrony niebezpiecznych lekarzy, komisja lekarska nie cofnęła ani nie zawiesiła licencji Shallenbergera. Zamiast tego, za bezpośredni wkład w śmierć pacjenta, sąd nałożył na niego grzywnę w wysokości zaledwie 5000 dolarów i nakazał zapłacić 6500 dolarów w kosztach sądowych.
na tym samym posiedzeniu zarząd złożył drugą skargę przeciwko Shallenbergerowi, utrzymując, że nie może go dyscyplinować za złe traktowanie pacjenta z poważnymi zaburzeniami poznawczymi, ponieważ posiada on również licencję homeopatyczną, a według ówczesnej Rady Lekarskiej homeopaci w Nevadzie nie muszą przestrzegać zwykłych standardów opieki medycznej, nawet jeśli są również licencjonowani przez lekarzy medycyny.
w sierpniu 2009 r.Komisja Lekarska odpowiedziała na kolejną skargę przeciwko Shallenbergerowi, oskarżając go o dwa zarzuty błędu w sztuce lekarskiej za błędną diagnozę i złe traktowanie pacjenta poprzez ignorowanie wyników laboratoryjnych i niewłaściwe przepisywanie leków. W przeciwieństwie do jego wcześniejszych twierdzeń, że nie był odpowiedzialny za nadzorowanie homeopatycznych MD, Zarząd oskarżył Shallenbergera o błąd w sztuce, częściowo dlatego, że używał testów homeopatycznych do „niewłaściwego diagnozowania” pacjenta ” jako niedoczynności tarczycy w obliczu normalnych wyników laboratoryjnych.”