Albert Sidney Johnston urodził się 2 lutego 1803 roku w Waszyngtonie w stanie Kentucky. Kształcił się w Amerykańskiej Akademii Wojskowej w West Point w 1826 roku. Opuścił armię Stanów Zjednoczonych, by wstąpić do armii w Teksasie, gdzie został naczelnym dowódcą I sekretarzem wojny.
Johnston powrócił do Armii Stanów Zjednoczonych podczas wojny meksykańskiej (1846-48), a w 1857 roku Prezydent James Buchanan wysłał go z Oddziałami federalnymi do Utah, aby odsunąć Brighama Younga od władzy. Johnston dowodził Departamentem Pacyfiku do wybuchu amerykańskiej wojny secesyjnej.
mianowany generałem w armii konfederackiej w maju 1861 roku, otrzymał dowództwo nad wszystkimi oddziałami na zachód od Alleghenies.
w kwietniu 1862 roku Johnston i Pierre T. Beauregard zjednoczyli swoje armie w pobliżu linii Tennessee-Mississippi. Z 55 000 ludzi przewyższali liczebnie siły dowodzone przez Ulyssesa S. Granta. 6 kwietnia armia Konfederacka zaatakowała armię Granta pod Shiloh. Zaskoczona armia Granta poniosła ciężkie straty aż do przybycia generała Don Carlosa Buella i posiłków.
podczas walk 6 kwietnia 1862 roku Johnston został trafiony w nogę kulą. Albert Sidney Johnston zignorował ranę i kontynuował walkę, aż ciężka utrata krwi doprowadziła do utraty przytomności i wykrwawienia się na śmierć. To był straszny cios dla Armii Konfederatów. Dowódca armii Unii, generał Ulysses Grant, stwierdził później: „jego współcześni w West Point i ogólnie oficerowie, którzy poznali go osobiście później i którzy pozostali po naszej stronie, oczekiwali, że okaże się najgroźniejszym człowiekiem, jakiego spotka Konfederacja.”