în 1994, pe baza investigării mai multor plângeri extrem de grave din partea pacienților săi și a celor dragi, Consiliul Medical din California a constatat că Dr.Frank A. Shallenberger a fost supus mai multor acțiuni disciplinare din cauza „incompetenței grave”, „actelor repetate de neglijență gravă” și „actelor de necinste și corupție care sunt în mod substanțial legate de calificările, funcțiile sau îndatoririle unui medic și chirurg.”Ca răspuns, Dr. Shallenberger a ales să nu conteste constatările Consiliului, ci să renunțe la licența sa de a practica medicina în statul California.
după ce și-a pierdut licența în California, Dr.Shallenberger s-a mutat în Nevada, unde conduce acum Centrul Nevada pentru Medicină Alternativă și Anti-îmbătrânire din Carson City.
în 1995, după ce nu a anunțat oficialii din Nevada despre predarea licenței sale din California, Dr.Shallenberger a fost admonestat public de Consiliul examinatorilor Medicali din Nevada. Președintele Consiliului, Thomas Scully, MD, i-a scris lui Shallenberger: „comportamentul tău aruncă o mare discreditare asupra ta personală și profesională și asupra profesiei medicale în general. Este datoria mea neplăcută ca președinte al Consiliului de Stat al examinatorilor Medicali din Nevada să vă mustrez în mod oficial și public pentru comportamentul dvs.”
în septembrie 2007, Shallenbergera fost condamnat vinovat la un număr de malpraxis medical ca răspuns la o altă plângere împotriva sa. Cazul a apărut ca o consecință a maltratării lui David Horton de către shallenberger, care a murit după ce Shallenberger și-a diagnosticat greșit cancerul de colon ca hemoroizi, l-a tratat cu hamamelis și alte remedii ineficiente, apoi, după ce cancerul lui Horton s-a răspândit, a încercat fără succes să combată boala terapie de potențare a insulinei, un tratament controversat care încă nu a fost acceptat de oncologii obișnuiți.
în conformitate cu istoria sa de protejare a medicilor periculoși, consiliul Medical nu a revocat sau suspendat licența lui Shallenberger. În schimb, pentru contribuția sa directă la moartea pacientului său, theBoard l-a amendat cu doar 5.000 de dolari și i-a ordonat să plătească 6.500 de dolari în costuri legale.
la aceeași întâlnire, Consiliul a respins o a doua plângere împotriva lui Shallenberger, susținând că nu-l poate disciplina pentru maltratarea unui pacient cu deficiențe cognitive severe, deoarece deține și o licență homeopatică și, potrivit Consiliului Medical de la acea vreme, homeopatii din Nevada nu trebuie să se conformeze standardelor obișnuite de îngrijire medicală chiar și atunci când sunt și ei licențiați MD.
în August 2009, Consiliul Medical a răspuns la o altă plângere împotriva lui Shallenberger, acuzându-l de două acuzații de malpraxis pentru diagnosticarea greșită și maltratarea unui pacient prin ignorarea rezultatelor de laborator și prescrierea necorespunzătoare a medicamentelor. Spre deosebire de afirmația sa anterioară că nu a fost responsabilă pentru supravegherea MD-urilor homeopate, Consiliul l-a acuzat pe Shallenberger de malpraxis în parte pentru că a folosit teste homeopate pentru a „diagnostica necorespunzător” un pacient „ca având hipotiroidism în fața rezultatelor normale de laborator.”