după Asediul din Khartoum, acum locația mormântului Mahdi, orașul a crescut rapid. Cu toate acestea, în Bătălia de la Omdurman în 1898 (care a avut loc de fapt în satul din apropiere Kerreri), Lord Kitchener a învins decisiv forțele Mahdiste și l-a ucis pe Abdallahi ibn Muhammad, Khalifa, asigurând controlul britanic asupra Sudanului.
în septembrie 1898, armata britanică formată din douăzeci de mii de oameni bine forați echipați cu cele mai recente arme, arme Maxim și puști Martini-Henry sub comanda GeneralHoratio Herbert Kitchener a invadat Sudanul. În Bătălia de la Omdurman, armata britanică s-a confruntat cu apărători sudanezi constând din peste 52.000 de derviși de deșert slab înarmați; în decurs de cinci ore bătălia s-a încheiat. Apărătorii sudanezi au suferit multe victime, cu cel puțin 10.000 de morți. În schimb, au existat mai puțin de patru sute de victime de partea britanică, patruzeci și opt de soldați britanici pierzându-și viața. Apoi, generalul Kitchener a ordonat distrugerea mormântului lui Mahdi și, în cuvintele lui Winston Churchill, „a scos capul lui Mahdi într-o cutie de kerosen ca trofeu”.
Kitchener a restaurat Khartoum ca capitală și, din 1899 până în 1956, Sudanul a fost guvernat în comun de Marea Britanie și Egipt. Deși cea mai mare parte a orașului a fost distrusă în luptă, mormântul lui Mahdi a fost restaurat și renovat.
la 10 mai 2008, grupul rebel din Darfur al mișcării Justiție și Egalitate s-a mutat în oraș unde s-au angajat în lupte grele cu forțele guvernamentale Sudaneze. Scopul lor era să răstoarne guvernul lui Omar Hassan Al-Bashir.