Albert Sidney Johnston s-a născut în Washington, Kentucky, la 2 februarie 1803. A fost educat la Academia Militară a SUA la West Point în 1826. A părăsit armata Statelor Unite pentru a se alătura armatei din Texas, unde a devenit comandant șef și secretar de război.
Johnston s-a întors în Armata Statelor Unite în timpul războiului Mexican (1846-48) și în 1857 Președintele James Buchanan l-a trimis în Utah cu trupe federale pentru a-l îndepărta pe Brigham Young de la putere. Johnston a comandat Departamentul Pacificului până la izbucnirea Războiul Civil American.
comandat ca general în armata confederată în mai 1861, a primit comanda tuturor trupelor de la vest de Alleghenies.
în aprilie 1862, Johnston și Pierre T. Beauregard și-au reunit armatele lângă linia Tennessee-Mississippi. Cu 55.000 de oameni au depășit acum numărul forțelor conduse de Ulysses S. Grant. Pe 6 aprilie, armata confederată a atacat armata lui Grant la Shiloh. Luată prin surprindere, armata lui Grant a suferit pierderi grele până la sosirea generalului Don Carlos Buell și întăriri.
în timpul luptelor din 6 aprilie 1862, Johnston a fost lovit în picior de un glonț. Albert Sidney Johnston a ignorat rana și a continuat să lupte până când pierderea grea de sânge l-a determinat să-și piardă cunoștința și să sângereze până la moarte. Aceasta a fost o lovitură teribilă pentru armata confederată. Liderul armatei Uniunii, generalul Ulysses Grant, a declarat ulterior: „contemporanii săi de la West Point și, în general, ofițerii care au ajuns să-l cunoască personal mai târziu și care au rămas de partea noastră, se așteptau ca el să se dovedească cel mai formidabil om de întâlnit pe care Confederația îl va produce.”