Abstrakt
Gelová elektroforéza je jedna z nejdůležitějších technik v současné době k dispozici pro frakční RNA. Experimentální postup je relativně jednoduchý, ale přesto dosahuje velmi reprodukovatelných výsledků a vysokého rozlišení. RNA je polyanion, a proto bude migrovat směrem k kladné elektrodě v elektrickém poli. Pokud k migraci dochází gelovou matricí pečlivě zvolené velikosti pórů, mobilita molekul RNA souvisí s logaritmem molekulových hmotností: nejmenší molekuly pohybující se největší vzdálenost. Vhodné gelové matrice pro elektroforézu RNA jsou polyakrylamid nebo agaróza ve formě tyčí nebo desek. Agarózy je obecně výhodné, aby akrylamidu, protože jeho snadnou manipulaci a nižší toxicita, i když akrylamidu dává lepší rozlišení malé molekulové hmotnosti RNA. Desky mají řadu výhod oproti tyčovým gelům: umožňují mnoho vzorků, které mají být frakcionovány za stejných podmínek, které mohou být snadno obarví a fotografoval, a následující elektroforéza nukleových kyselin mohou být převedeny na nitrát celulózy papíru (Northern blotting) pro hybridizační pokusy o podobný postup, jako je popsán v Kapitole 5 (1).