Abstrakti
Geelielektroforeesi on yksi tärkeimmistä nykyisin käytettävissä olevista RNA: n fraktiointitekniikoista. Kokeellinen menettely on suhteellisen yksinkertainen, mutta sillä saavutetaan kuitenkin hyvin toistettavia tuloksia ja korkea resoluutio. RNA on polyanioni ja siirtyy siksi kohti positiivista elektrodia sähkökentässä. Jos migraatio tapahtuu huolellisesti valitun huokoskokoisen geelimatriisin kautta, RNA-molekyylien liikkuvuus liittyy molekyylipainojen logaritmiin: pienimmät molekyylit liikkuvat suurimman matkan. RNA: n elektroforeesiin sopivia geelimatriiseja ovat polyakryyliamidi tai agaroosi sauvoina tai laattoina. Agaroosia suositaan yleensä akryyliamidia enemmän sen helppouden ja vähäisemmän myrkyllisyyden vuoksi, vaikka akryyliamidi antaa paremman erotuskyvyn pienen molekyylipainon RNA: lle. Levyillä on useita etuja sauvageeleihin verrattuna: niiden avulla monia näytteitä voidaan fraktioida samanlaisissa olosuhteissa, ne voidaan helposti värjätä ja valokuvata, ja elektroforeesin jälkeen nukleiinihapot voidaan siirtää selluloosanitraattipaperiin (Northern blotting) hybridisaatiokokeita varten samankaltaisella menettelyllä kuin luvussa 5 (1).