Albert Sidney Johnston wurde am 2. Februar 1803 in Washington, Kentucky, geboren. Er wurde 1826 an der US-Militärakademie in West Point ausgebildet. Er verließ die United States Army, um sich der Armee in Texas anzuschließen, wo er Oberbefehlshaber und Kriegsminister wurde.
Johnston kehrte während des Mexikanerkrieges (1846-48) in die Armee der Vereinigten Staaten zurück, und 1857 sandte ihn Präsident James Buchanan mit Bundestruppen nach Utah, um Brigham Young von der Macht zu entfernen. Johnston befehligte das Department of the Pacific bis zum Ausbruch des amerikanischen Bürgerkriegs.
Im Mai 1861 als General in der Konföderierten Armee eingesetzt, erhielt er das Kommando über alle Truppen westlich der Alleghenies.
Im April 1862 vereinigten Johnston und Pierre T. Beauregard ihre Armeen in der Nähe der Tennessee-Mississippi-Linie. Mit 55.000 Mann waren sie nun den von Ulysses S. Grant angeführten Streitkräften zahlenmäßig überlegen. Am 6. April griff die Konföderierte Armee Grants Armee in Shiloh an. Überrascht erlitt Grants Armee schwere Verluste bis zur Ankunft von General Don Carlos Buell und Verstärkungen.
Während der Kämpfe am 6. April 1862 wurde Johnston von einer Kugel am Bein getroffen. Albert Sidney Johnston ignorierte die Wunde und kämpfte weiter, bis der schwere Blutverlust dazu führte, dass er das Bewusstsein verlor und verblutete. Dies war ein schrecklicher Schlag für die konföderierte Armee. Der Anführer der Unionsarmee, General Ulysses Grant, erklärte später: „seine Zeitgenossen in West Point und Offiziere im Allgemeinen, die ihn später persönlich kennenlernten und auf unserer Seite blieben, erwarteten, dass er sich als der beeindruckendste Mann erweisen würde, den die Konföderation hervorbringen würde.“