4.huhtikuuta 1578 syntyi Madridissa kuningas Filip II: n poika, jota hän seurasi 20-vuotiaana vuonna 1598. Valtakautensa alusta lähtien hän käytännössä luovutti hallituksen suosikilleen Francisco de Lermalle, joka oli Espanjan todellinen hallitsija seuraavat 2 vuosikymmentä. Philipin perintöön kuuluivat Espanjaa edeltävän puolen vuosisadan aikana vaivanneet kriisit ja ongelmat. Hänen valtakautensa kahtena ensimmäisenä vuotena maata runteli rutto, joka luultavasti pyyhkäisi pois espanjalaisten 15 prosentin kasvun 1500-luvulla. Vaikka uudistushankkeet, mukaan lukien suunnitelmat verojärjestelmän uudelleenjärjestelystä, esitettiin kuninkaalle ja hänen ministereilleen, alueellinen traditionalismi ja omat intressit estivät muutoksen.
vuonna 1607 kruunu joutui kieltäytymään veloistaan. Alankomaiden sodan aiheuttama varojen valuminen ja taistelun jatkamisen turhuus Alankomaissa johtivat 12-vuotiseen aselepoon vuonna 1609. Itse asiassa se osoitti Espanjan epäonnistuneen kapinoivien alamaistensa kukistamisessa Alankomaissa. Tämän epäonnistumisen peittämiseksi uutisia aselevosta seurasi suosittu toimenpide, Moriskojen (kristinuskoon kääntyneiden maurien) karkottaminen. Heihin suhtauduttiin epäluuloisesti Espanjan vihollisten mahdollisina liittolaisina ja katkerasti ahkerina ihmisinä, jotka säästivät suurimman osan rahoistaan. Filip II: n aikana heitä vastaan oli ryhdytty ankariin toimiin, ja nyt noin 275 000 Moriskoa karkotettiin maasta; suurin osa heistä lähti Pohjois-Afrikkaan. Espanja kärsi taloudellisia tappioita erityisesti Aragoniassa ja Valenciassa, joskaan ei yhtä paljon kuin juutalaisten karkotuksen jälkeen vuonna 1492.
aikaraja Alankomaiden kanssa solmittuun aselepoon symboloi koko Euroopassa odotetta, että sota syttyisi uudelleen, eikä ainoastaan Alankomaissa. Espanja liittyi kolmikymmenvuotiseen sotaan, joka alkoi Böömissä vuonna 1618, mutta sen alkuvaiheen menestys jäi lyhytaikaiseksi, ja Espanjan osallistuminen sotaan vaikutti vielä enemmän sen yleiseen taantumiseen.
Lerma syöstiin vallasta vuonna 1618 ja häntä seurasi Ucedan herttua. Sillä välin Filip harrasti hartausharjoituksia tai tuhlasi aikaansa metsästämällä, nauttimalla teatterista ja isännöimällä ylenpalttisia juhlia, ja hänen roolinsa näytti supistuvan kruununperillisen tarjoamiseen. Hänen avioliitostaan Itävallan Margareetan kanssa syntyi kahdeksan lasta, joista yksi seurasi häntä Filip IV: nä hänen kuollessaan 31.Maaliskuuta 1621. Hänen tyttärestään Annesta itävaltalaisesta tuli Ranskan Ludvig XIII: n puoliso.