alun perin se nimettiin Birchvilleksi kullanetsijän ja entisen lainsuojattoman Robert H. Birchin mukaan, joka oli yksi kolmesta ensimmäisen kullan löytäneestä, ja myöhemmin se otti espanjankielisen nimen Pinos Altos, joka tarkoittaa korkeita mäntyjä, koska alueella kasvoi korkeita puita. Kaupungin asukasluku kasvoi noin 9 000: een 1880-ja 1890-luvuilla, kunnes se hiljalleen autioitui 1900-luvun alussa.
vuoden 1860 kultalöydöstä vuoden 1861 loppupuolelle asti kaivostyöläisiä ahdistelivat apassi-intiaanit, jotka vastustivat heidän maitaan miehittäviä amerikkalaisia ja meksikolaisia uudisasukkaita. Syyskuuta 1861 siellä käytiin Pinos Altosin taistelu etelävaltioiden Arizonan alueellisen miliisikomppanian Pinos Altosin Arizonalaiskaartin ja Mangas Coloradasin ja Cochisen johtamien Apassisoturien välillä. Tämä taistelu ei lopettanut uudisasukkaiden ja intiaanien välistä konfliktia, joka jatkui useita vuosia, eikä kumpikaan osapuoli ollut erityisen halukas ratkaisemaan kiistaa rauhanomaisesti. Silloinkin kun uudisasukkaiden ja intiaanien välille lopulta neuvoteltiin sopimus, muuan Uudisasukas, joka isännöi päivällistä allekirjoittamisen kunniaksi, avasi tulen 60: tä aseetonta intiaania kohti tappaen ja haavoittaen monia paikalle kokoontuneista. Intiaanien vihamielisyys jatkui, kunnes armeija rakensi alueelle pysyviä linnoituksia, joista merkittävin oli vuonna 1866 pari kilometriä kaakkoon perustettu Fort Bayard.
senaattori George Hearst sijoitti useisiin Pinos Altosin kaivoksiin, kuten Mina Granden ja Tyynenmeren kaivokseen. Hän rakennutti vuonna 1889 Pinos Altosiin postimerkkitehtaan ja liitti sinne Silver City, Pinos Altos and Mogollon Railroadin yhdistääkseen nämä kiinteistöt Silver Cityn sulattoonsa. Comanche Mining and Smelting Company sai valmiiksi kahden jalan kapearaiteisen rautatien vuonna 1906, mutta rautatie suljettiin, kun kuparin hinta romahti seuraavana vuonna.
kaupungin postinumero on 88053. Postitoimisto sijaitsee Pinos Altosin jäätelöbaarissa. Vanha oopperatalo on yhdistetty ravintolaksi Buckhornin Saluunan kanssa.