oorspronkelijk heette Birchville, naar de goudzoeker Robert H. Birch, een van de drie mensen die het eerste goud vonden. Deze werden gekapt toen de stad groeide tot een bevolking van ongeveer 9.000 in de jaren 1880 en 1890 voordat langzaam werd verlaten tijdens de vroege jaren 1900. Vanaf de ontdekking van goud in 1860 tot eind 1861 werden mijnwerkers lastiggevallen door Apache-indianen die zich verzetten tegen Amerikaanse en Mexicaanse kolonisten die hun land bezetten. Op 27 September 1861 vond de Slag bij Pinos Altos plaats tussen de Arizona Guards of Pinos Altos, een Confederate Arizona Territorial milities company, en Apache krijgers onder leiding van Mangas Coloradas en Cochise. Deze strijd maakte geen einde aan het conflict tussen kolonisten en Indianen, dat enkele jaren duurde, waarbij geen van beide partijen bijzonder bereid was om het geschil vreedzaam op te lossen. Zelfs toen er uiteindelijk een verdrag werd gesloten tussen de kolonisten en Indianen, opende een kolonist die een diner organiseerde om de ondertekening te vieren, het vuur op 60 ongewapende Indianen, waarbij veel van de verzamelde Indianen werden gedood en verwond. De vijandigheid van de Indianen duurde voort totdat het leger permanente forten bouwde in het gebied, waarvan het belangrijkste Fort Bayard was, dat in 1866 enkele kilometers naar het zuidoosten werd gevestigd.Senator George Hearst investeerde in verschillende Pinos Altosmijnen, waaronder de Mina Grande en de Pacific Mine. Hij bouwde een postzegelmolen in Pinos Altos in 1889, en bouwde de Silver City, Pinos Altos en Mogollon Railroad om deze eigendommen te verbinden met zijn Silver City smelter. Comanche Mining and Smelting Company voltooide de 2-voet smalspoorlijn in 1906; maar de spoorweg sloot toen de prijs van koper daalde het volgende jaar.
de postcode van de stad is 88053. Het postkantoor is gevestigd in de Pinos Altos ijssalon. Het oude operagebouw is gecombineerd tot een restaurant met de Buckhorn Saloon.