ursprungligen namngiven Birchville, efter prospector och tidigare outlaw, Robert H. Birch, en av tre personer som hittade det första guldet, tog det senare det spanska namnet Pinos Altos, vilket betyder höga tallar, eftersom det fanns höga träd som växte i området. Dessa skars ner när staden växte till en befolkning på cirka 9000 under 1880-och 1890-talet innan den långsamt övergavs under början av 1900-talet. idag finns många av de ursprungliga byggnaderna kvar.
från upptäckten av guld 1860 till slutet av 1861 trakasserades gruvarbetare av Apache-indianer som motsatte sig amerikanska och mexikanska bosättare som ockuperade sina länder. Den 27 September 1861 var det platsen för slaget vid Pinos Altos mellan Arizona Guards of Pinos Altos, ett Konfedererat Arizona Territorial militia company, och Apache warriors ledd av Mangas Coloradas och Cochise. Denna kamp slutade inte konflikten mellan bosättare och indianer, som fortsatte i flera år, med ingen sida särskilt villig att se tvisten lösas fredligt. Även när ett fördrag så småningom förhandlades fram mellan bosättarna och indianerna, öppnade en bosättare som var värd för en middag för att fira undertecknandet eld på 60 obeväpnade indianer och dödade och skadade många av de samlade. Indisk fientlighet fortsatte tills militären byggde permanenta fort i området, varav den viktigaste var Fort Bayard, etablerade några mil sydost 1866.
Senator George Hearst investerade i flera Pinos Altos-gruvor, inklusive mina Grande och Pacific Mine. Han byggde en frimärksbruk i Pinos Altos 1889 och införlivade Silver City, Pinos Altos och Mogollon Railroad för att ansluta dessa fastigheter till sitt Silver City smältverk. Comanche Mining and Smelting Company slutförde 2-fots smalspårig järnväg 1906; men järnvägen stängdes när priset på koppar sjönk året därpå.
stadens postnummer är 88053. Postkontoret ligger i Pinos Altos glassbar. Det gamla operahuset har kombinerats till en restaurang med Buckhorn Saloon.