Originariamente chiamato Birchville, dopo cercatore ed ex fuorilegge, Robert H. Birch, una delle tre persone che hanno trovato il primo oro, in seguito ha preso il nome spagnolo Pinos Altos, che significa alti pini, perché c’erano alberi ad alto fusto che crescono nella zona. Questi sono stati abbattuti come la città è cresciuta ad una popolazione di circa 9.000 durante il 1880 e il 1890 prima di essere lentamente abbandonato durante i primi anni del 1900. Oggi, molti degli edifici originali rimangono.
Dalla scoperta dell’oro nel 1860 fino alla fine del 1861, i minatori furono molestati dagli indiani Apache che si opponevano ai coloni americani e messicani che occupavano le loro terre. Il 27 settembre 1861, fu il luogo della battaglia di Pinos Altos tra le guardie dell’Arizona di Pinos Altos, una compagnia di milizie territoriali confederate dell’Arizona, e guerrieri Apache guidati da Mangas Coloradas e Cochise. Questa battaglia non pose fine al conflitto tra coloni e nativi americani, che continuò per diversi anni, con nessuna delle due parti particolarmente disposte a vedere la disputa risolta pacificamente. Anche quando alla fine fu negoziato un trattato tra coloni e indiani, un colono che ospitava una cena per celebrare la firma aprì il fuoco su 60 indiani disarmati, uccidendo e ferendo molti di quelli riuniti. L’ostilità indiana continuò fino a quando i militari costruirono forti permanenti nella zona, il più significativo dei quali fu Fort Bayard, stabilito a poche miglia a sud-est nel 1866.
Il senatore George Hearst investì in diverse miniere di Pinos Altos, tra cui la Mina Grande e la Pacific Mine. Costruì un mulino per francobolli a Pinos Altos nel 1889 e incorporò la Silver City, Pinos Altos e Mogollon Railroad per collegare queste proprietà alla sua fonderia Silver City. La Comanche Mining and Smelting Company completò la ferrovia a scartamento ridotto di 2 piedi nel 1906; ma la ferrovia chiuse quando il prezzo del rame precipitò l’anno successivo.
Il codice postale della città è 88053. L’ufficio postale si trova nella gelateria Pinos Altos. Il vecchio teatro dell’opera è stato combinato in un ristorante con il Buckhorn Saloon.