Originalmente llamado Birchville, por el prospector y ex forajido Robert H. Birch, una de las tres personas que encontraron el primer oro, más tarde tomó el nombre español Pinos Altos, que significa pinos altos, porque había árboles altos que crecían en la zona. Estos fueron cortados a medida que la ciudad creció a una población de alrededor de 9,000 durante las décadas de 1880 y 1890, antes de ser abandonada lentamente a principios de 1900. Hoy en día, muchos de los edificios originales permanecen.
Desde el descubrimiento de oro en 1860 hasta finales de 1861, los mineros fueron acosados por indios Apaches que se oponían a los colonos estadounidenses y mexicanos que ocupaban sus tierras. El 27 de septiembre de 1861, fue el lugar de la Batalla de Pinos Altos entre los Guardias de Pinos Altos de Arizona, una compañía de milicias territoriales Confederadas de Arizona, y los guerreros Apache dirigidos por Mangas Coloradas y Cochise. Esta batalla no puso fin al conflicto entre los colonos y los nativos americanos, que continuó durante varios años, sin que ninguna de las partes estuviera particularmente dispuesta a ver la disputa resuelta pacíficamente. Incluso cuando finalmente se negoció un tratado entre los colonos y los indios, un colono que organizó una cena para celebrar la firma abrió fuego contra 60 indios desarmados, matando e hiriendo a muchos de los reunidos. La hostilidad india continuó hasta que el ejército construyó fuertes permanentes en el área, el más importante de los cuales fue Fort Bayard, establecido a pocas millas al sureste en 1866.
El senador George Hearst invirtió en varias minas de Pinos Altos, incluyendo la Mina Grande y la Mina del Pacífico. Construyó un molino de sellos en Pinos Altos en 1889, e incorporó el ferrocarril Silver City, Pinos Altos y Mogollon para conectar estas propiedades con su fundición Silver City. Comanche Mining and Smelting Company completó el ferrocarril de vía estrecha de 2 pies en 1906; pero el ferrocarril se cerró cuando el precio del cobre cayó al año siguiente.
El código postal de la ciudad es 88053. La oficina de correos se encuentra en la Heladería Pinos Altos. La antigua ópera se ha combinado en un restaurante con el salón Buckhorn.