U. S. Naval Academyn kappeli on Ernest Flaggin Beaux-Artsin kampussuunnitelman keskipiste ja merkittävä visuaalinen maamerkki Annapolisin keskustassa. Alun perin suunniteltu kreikkalainen risti, monumentaalinen kappeli saavuttaa 210 metrin korkeuden pyöreän kupolin Lyhdyn huipulla. Flagg aikoi käyttää kantavaa graniittia, kuten Yhdysvaltain laivastoakatemian rakentamisen ensimmäisissä vaiheissa, mutta vuoteen 1904 mennessä kohonneet rakennuskustannukset tekivät kappeliin varatun summan riittämättömäksi. Sen sijaan, että Flagg olisi pienentänyt kappelinsa kokoa ja vaikutusta, hän suunnitteli edullisemman betonirungon ja vaihtoi harmaatiilen ja terrakotan ulkograniittiin. Hänen kevyesti kehystettyä, kaksikuorista kupoliaan pidettiin hennebiquen patentoiman betonijärjestelmän uskaliaana ja innovatiivisena käyttönä. Samanlaista betonirakentamista käytettiin tulenkestävään holvaukseen muissakin Merisotakoulun rakennuksissa, mutta sen käyttöä kappelissa pidettiin yleisesti tämän materiaalin hienostuneimpana käyttönä Yhdysvalloissa tuohon aikaan.
Flaggin elämäkerran kirjoittaja Marges Bacon nimeää arkkitehdin innoittajaksi Pariisissa sijaitsevan Dôme des Invalidesin (1679-1691, J. Hardouin Mansart) sotilaskappelin. Aluksi Ludvig XIV: n kuninkaalliseksi kappeliksi rakennettu Dôme des Invalides kunnostettiin 1840-luvulla Napoleon I: n kryptaksi. Flagg suunnitteli kappelin rakentamista myös Vapaussodan sotasankarin John Paul Jonesin jäännöksille. Kun Jonesin jäännökset oli sijoitettu Pariisiin, tehtiin vuonna 1911 määräys kryptaan lisäämisestä. Tässä vaiheessa Flagg haastoi Yhdysvaltain hallituksen oikeuteen maksamattomista arkkitehtimaksuista, eikä häntä yllättäen valittu suunnittelemaan kryptaa ja Jonesin sarkofagia. Newyorkilainen arkkitehti Whitney Warren sai tämän toimeksiannon ja suunnitteli taidokkaan mustavalkoisen Grande Antique des Pyrenees-marmorihaudan ja sitä ympäröivän kahdeksankulmaisen huoneen, joka vihittiin käyttöön vuonna 1913.
vuonna 1928 putoavaan terrakottaan liittyvien turvallisuushuolien vuoksi Flaggin ornamentti poistettiin ja kupoli verhottiin uudelleen kuparilla. Vuonna 1938 kasvava ilmoittautuminen vaati kappeliin lisäystä. Arvostettu arkkitehti Paul Philippe Cret palkattiin laajentamaan keskilaivaa, muuttaen kappelisuunnitelman latinalaiseksi ristiksi. Cretin lisärakennuksessa käytettiin uudelleen graniittiset julkisivu-ja pronssiovet (1906-1909, Evelyn Beatrice Longman) alkuperäisestä rakennuksesta. Kun laajennettu kappeli valmistui vuonna 1940, siihen mahtui 2000 muuta keskilaivamiestä.