US Naval Academy Chapel er kernen i Ernest Flaggs Campusplan for smuk kunst og et stort visuelt vartegn i hele Annapolis centrum. Oprindeligt et græsk kors i plan når det monumentale kapel en højde på 210 fod øverst på den cirkulære kuppels lanterne. Flagg havde til hensigt at bruge bærende granit, som i de første faser af US Naval Academy-konstruktionen, men i 1904 gjorde stigende byggeomkostninger det beløb, der blev afsat til kapellet, utilstrækkeligt. I stedet for at mindske størrelsen og virkningen af hans kapel designede Flagg en billigere betonramme og erstattede grå mursten og terrakotta med udvendig granit. Hans let indrammede kuppel med dobbelt skal blev betragtet som en dristig og innovativ anvendelse af det hennebikanske patenterede betonsystem. Lignende betonkonstruktion blev brugt til brandsikker hvælving i andre Naval Academy-bygninger, men dets anvendelse i kapellet blev bredt betragtet som den mest sofistikerede anvendelse af dette materiale i USA på det tidspunkt.
Flagg ‘ s biograf, Marges Bacon, identificerer militærkapellet i D. Kristian des Invalides (1679-1691, J. Hardouin Mansart) i Paris som arkitektens inspiration. I 1840 ‘ erne havde Flagg lignende ambitioner for kapellet og foreslog at inkludere en krypt for de endnu ikke lokaliserede rester af John Paul Jones, Flådehelt fra Revolutionskrigen. Efter at Jones rester var placeret i Paris, blev der i 1911 foretaget en bevilling til at tilføje krypten. På dette tidspunkt sagsøgte Flagg den amerikanske regering for ubetalte arkitektoniske gebyrer, og ikke overraskende blev han ikke valgt til at designe crypt og Jones sarkofag. Denne kommission blev designet og designet en detaljeret Sort / hvid Grande Antik des Pyrenæerne marmorgrav og det omkringliggende ottekantede rum, som blev indviet i 1913.
i 1928 på grund af sikkerhedsmæssige bekymringer om faldende terrakotta blev Flaggs ornament fjernet, og kuplen blev genopvarmet med kobber. I 1938 krævede voksende tilmelding en tilføjelse til kapellet. Den ærværdige arkitekt Paul Philippe Cret blev hyret til at udvide skibet og omdanne kapelplanen til et latinsk kors. Cret ‘ s tilføjelse genbrugte granitbeklædnings-og bronsdørene (1906-1909, Evelyn Beatrice Longman) fra den oprindelige konstruktion. Da det blev afsluttet i 1940, kunne det udvidede Kapel rumme yderligere 2.000 midshipmen.